<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Mark
<div><br>
</div>
<div>Suggest MTZDUMP the intermediate .mtz file - I assume you're using SCALEPACK2MTZ to convert .sca, and if not this would be useful for debug -
<span style="font-size: 10pt;">to see which program the completeness vs resolution table agrees with.</span></div>
<div><br>
</div>
<div>This may be a Scalepack &quot;feature&quot; where I've infrequently noticed something like: the resolution of the reflections may be calculated from unit cell dimensions before post-refinement (e.g. the first .x file) which then causes a high resolution cutoff mismatch
 when the post-refined unit cell is used for calculations downstream of Scalepack.</div>
<div><br>
</div>
<div>Phil Jeffrey</div>
<div>Princeton<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF454350" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Mark A. White [mawhite@utmb.edu]<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, March 14, 2018 1:47 PM<br>
<b>To:</b> PHENIX BB<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Phenix.Refine: Missing High Resolution Data<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Hello,<br>
<br>
I have several data sets which seem to loose completeness in their high-resolution shells when the HKL *.sca file is converted into an MTZ.&nbsp; I am using the recommended Diederichs CC1/2 cut off of 0.5, which is usually an I/s &lt;2.&nbsp; I also have an usually high
 redundancy in these data sets, not sure if that has any effect.&nbsp; Here is a typical comparison of the Phenix statistics and the HKL values.&nbsp; Note that the resolution bins do not match, and that the Phenix refinement was truncated to 3.0Ň.<br>
<br>
&nbsp; PHENIX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HKL2000/Scalepack<br>
<tt>RESOLUTION RANGE COMPL total&nbsp;&nbsp; CC1/2&nbsp;&nbsp; CC*&nbsp;&nbsp; Redn&nbsp; ScP-Angstrom </tt><br>
<tt>50.1353 -&nbsp; 8.8720&nbsp;&nbsp; 97&nbsp;&nbsp; 97.8</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.989&nbsp; 0.997&nbsp; 10.9&nbsp; 70.00&nbsp;&nbsp; 7.87</tt><br>
<tt>8.8720 -&nbsp; 7.0483&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp; -</tt><br>
<tt>7.0483 -&nbsp; 6.1591&nbsp; 100</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 99.6</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.990&nbsp; 0.997&nbsp; 12.8&nbsp;&nbsp; 7.87&nbsp;&nbsp; 6.25</tt><br>
<tt>6.1591 -&nbsp; 5.5968&nbsp; 100&nbsp;&nbsp; 99.7</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.991&nbsp; 0.998&nbsp; 12.9&nbsp;&nbsp; 6.25&nbsp;&nbsp; 5.46</tt><br>
<tt>5.5968 -&nbsp; 5.1961&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp; -</tt><br>
<tt>5.1961 -&nbsp; 4.8900&nbsp;&nbsp; 99</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 99.6</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.991&nbsp; 0.998&nbsp; 13.0&nbsp;&nbsp; 5.46&nbsp;&nbsp; 4.96</tt><br>
<tt>4.8900 -&nbsp; 4.6453&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp; 99.5</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.986&nbsp; 0.996&nbsp; 12.9&nbsp;&nbsp; 4.96&nbsp;&nbsp; 4.60</tt><br>
<tt>4.6453 -&nbsp; 4.4432&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp; 99.2</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.990&nbsp; 0.997&nbsp; 13.1&nbsp;&nbsp; 4.60&nbsp;&nbsp; 4.33</tt><br>
<tt>4.4432 -&nbsp; 4.2723&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp; -</tt><br>
<tt>4.2723 -&nbsp; 4.1249&nbsp;&nbsp; 99</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 99.8</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.988&nbsp; 0.997&nbsp; 13.3&nbsp;&nbsp; 4.33&nbsp;&nbsp; 4.11</tt><br>
<tt>4.1249 -&nbsp; 3.9960&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp; 99.9</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.989&nbsp; 0.997&nbsp; 13.4&nbsp;&nbsp; 4.11&nbsp;&nbsp; 3.94</tt><br>
<tt>3.9960 -&nbsp; 3.8818&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp; 99.9</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.987&nbsp; 0.997&nbsp; 13.5&nbsp;&nbsp; 3.94&nbsp;&nbsp; 3.78</tt><br>
<tt>3.8818 -&nbsp; 3.7796&nbsp; 100&nbsp;&nbsp; -</tt><br>
<tt>3.7796 -&nbsp; 3.6875&nbsp; 100</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 99.8</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.985&nbsp; 0.996&nbsp; 13.4&nbsp;&nbsp; 3.78&nbsp;&nbsp; 3.65</tt><br>
<tt>3.6875 -&nbsp; 3.6037&nbsp; 100&nbsp; 100.0</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.975&nbsp; 0.994&nbsp; 13.5&nbsp;&nbsp; 3.65&nbsp;&nbsp; 3.54</tt><br>
<tt>3.6037 -&nbsp; 3.5270&nbsp; 100&nbsp;&nbsp; -</tt><br>
<tt>3.5270 -&nbsp; 3.4565&nbsp; 100</tt>&nbsp;&nbsp; <tt>100.0</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.964&nbsp; 0.991&nbsp; 13.5&nbsp;&nbsp; 3.54&nbsp;&nbsp; 3.44</tt><br>
<tt>3.4565 -&nbsp; 3.3912&nbsp; 100&nbsp;&nbsp; -</tt><br>
<tt>3.3912 -&nbsp; 3.3307&nbsp;&nbsp; 97</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 99.9</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.966&nbsp; 0.991&nbsp; 12.1&nbsp;&nbsp; 3.44&nbsp;&nbsp; 3.35</tt><br>
<tt>3.3307 -&nbsp; 3.2742&nbsp;&nbsp; 87&nbsp; 100.0&nbsp;&nbsp; 0.916&nbsp; 0.978&nbsp; 10.2&nbsp;&nbsp; 3.35&nbsp;&nbsp; 3.27</tt><br>
<tt>3.2742 -&nbsp; 3.2214&nbsp;&nbsp; 68&nbsp; 100.0</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.857&nbsp; 0.961&nbsp;&nbsp; 8.5&nbsp;&nbsp; 3.27&nbsp;&nbsp; 3.19</tt><br>
<tt>3.2214 -&nbsp; 3.1719&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp; -</tt><br>
<tt>3.1719 -&nbsp; 3.1252&nbsp;&nbsp; 41</tt>&nbsp;&nbsp; <tt>100.0</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.763&nbsp; 0.930&nbsp;&nbsp; 7.4&nbsp;&nbsp; 3.19&nbsp;&nbsp; 3.12</tt><br>
<tt>3.1252 -&nbsp; 3.0812&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp; 99.9</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <tt>0.616&nbsp; 0.873&nbsp;&nbsp; 6.4&nbsp;&nbsp; 3.12&nbsp;&nbsp; 3.06</tt><br>
<tt>3.0812 -&nbsp; 3.0396&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;</tt>&nbsp;&nbsp; <tt>-</tt><br>
<tt>3.0396 -&nbsp; 3.0001&nbsp;&nbsp; 18</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 98.4</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt> 0.547&nbsp; 0.841&nbsp;&nbsp; 5.8&nbsp;&nbsp; 3.06&nbsp;&nbsp; 3.00</tt><br>
<tt>&nbsp;</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 95.1&nbsp;&nbsp; 0.307&nbsp; 0.685&nbsp;&nbsp; 5.2&nbsp;&nbsp; 3.00&nbsp;&nbsp; 2.95</tt><br>
<tt>&nbsp;</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89.8&nbsp;&nbsp; 0.302&nbsp; 0.681&nbsp;&nbsp; 4.8&nbsp;&nbsp; 2.95&nbsp;&nbsp; 2.90</tt><br>
<tt>&nbsp;</tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<tt>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 98.9&nbsp;&nbsp; 0.982&nbsp; 0.995&nbsp; 10.9&nbsp;&nbsp; All reflect. </tt>
<br>
<table cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%">
<tbody>
<tr>
<td>-- <br>
Yours sincerely, <br>
<br>
Mark A. White, Ph.D. <br>
Associate Professor of Biochemistry and Molecular Biology, <br>
Manager, Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics <br>
Macromolecular X-ray Laboratory, <br>
Basic Science Building, Room 6.658A <br>
University of Texas Medical Branch <br>
Galveston, TX 77555-0647 <br>
Tel. (409) 747-4747 <br>
mailto://mawhite@utmb.edu <br>
http://xray.utmb.edu <br>
<br>
QQ: &quot;Donít persist in folly. Some people commit themselves to their errors. They commit one error and consider it constancy to go on that way.&quot;
<br>
- Baltasar Gracian (1658) <br>
<br>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>