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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am trying to run phaser.find_anomalous_substructure to identify the anomalous peaks of some phosphorus atoms and get the following error:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'as_pdb_string'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Looking in the log file), it states a file opening error with my PDB file:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">******************************************************************************************<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">*** Phaser Module: AUTOMATED EXPERIMENTAL PHASING 2.8.1 ***<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">******************************************************************************************<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">** Steps:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">** Anisotropy correction<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">** Experimental Phasing<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">** SAD Phasing<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">CPU Time: 0 days 0 hrs 0 mins 0.02 secs ( 0.02 secs)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Finished: Fri Mar 23 15:23:15 2018<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">******************************************************************************************<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">*** Phaser Module: SINGLE-WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION 2.8.1 ***<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">******************************************************************************************<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Keyword input too long to echo to output (>10000 characters)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">------------------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FILE OPENING ERROR: ATOM 1 N MET A 1 5.825 -12.222 -3.663 1.00 89.47<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> N<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Has anyone seen this before and/or knows how to fix this?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cheers,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Janine<o:p></o:p></p>
</div>
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