<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Dear Toon, <br>
    <br>
    if you have data up to 2.3A resolution, you should keep it, it is so
    valuable. The isotropic statistics that you are looking at and
    output by Aimless are I'm sure awful, because you simply don't have
    data (lack of completeness) in the high resolution shells, and the
    statistics are produced out of a mixture of real data (weak) and
    noise. <br>
    <br>
    Staraniso has done a lot of work on outputting statistics more
    meaningful in term of Table 1 and anisotropy, so it could be worth a
    try to submit your data and see what comes out of it. <br>
    In any case, I would use the data to the resolution limit suggested
    by Aimless, and judge your electron density maps. I'm sure you will
    have a big improvement if you include the 2.3A limit, even though it
    is not going to look like an isotropic 2.3A. <br>
    <br>
    If you use the data output by staraniso, please ask the server to
    also output your original data so you can deposit the original
    intensities in the PDB and investigators can look at it untouched in
    the future. There is a check box on the server to tick. <br>
    <br>
    Best of luck with your data<br>
    Vincent<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 04/04/2018 11:47, Toon Van Thillo
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:1522835276615.28480@student.kuleuven.be">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
      <p>Hi all,<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>Currently I am refining a data set which showed anisotropic
        diffraction. Aimless suggested cutoffs at 2.3, 2.6 and 3.6
        angstrom for the h,k and l axis.<br>
      </p>
      <p>I chose a general 3.6 cutoff to obtain satisfactory statistics
        for Rmeas, I/sd(I) and CC1/2. At this resolution the data set
        consists of approximately 2800 reflections.<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>Generally 5% of the set is set aside as the Rfree test set and
        I found that a minimum of 500 reflections in total is used to
        produce a reliable Rfree. However, 5% only amounts to 140
        reflections in this case. I am hesitant to include more
        reflections as I would have to go up to 20% of the reflections
        to obtain more than 500 reflections for the test set. In a
        discussion on the CCP4 message boards some time ago it was
        suggested to do multiple refinements with different test sets:<br>
      </p>
      <p><a
href="https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind1411&amp;L=ccp4bb&amp;F=&amp;S=&amp;P=125570"
          moz-do-not-send="true">https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind1411&amp;L=ccp4bb&amp;F=&amp;S=&amp;P=125570</a><br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>In the thread it was also discussed that a least squares
        approach is prefered when using a small test set. However, when
        using a LS target, the resulting Rfree is very high (10% higher
        than when using the automatic option) and <em>phenix.refine</em>​
        produces awful geometry (24% ramachandran outliers, 105
        clashcore...). It seems that the refinement is performed without
        restraints? Optimize X-ray/stereochemistry weight does not
        result in improved stereochemistry. My question is if the LS
        approach is still relevant and if so, is there an explanation
        (and solution) for the bad statistics?<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>Kind regards,<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>Toon Van Thillo<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
      <title></title>
      <meta name="Generator" content="Cocoa HTML Writer">
      <meta name="CocoaVersion" content="1348.17">
      <style type="text/css">
    p.p1 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica; color: #000000; -webkit-text-stroke: #000000}
    span.s1 {font-kerning: none}
  </style>
      <p class="p1"><span class="s1">Vincent Chaptal, PhD</span></p>
      <p class="p1"><span class="s1">Institut de Biologie et Chimie des
          Protéines</span></p>
      <p class="p1"><span class="s1">Drug Resistance and Membrane
          Proteins Laboratory</span></p>
      <p class="p1"><span class="s1">7 passage du Vercors<span
            class="Apple-converted-space"> </span></span></p>
      <p class="p1"><span class="s1">69007 LYON</span></p>
      <p class="p1"><span class="s1">FRANCE</span></p>
      <p class="p1"><span class="s1">+33 4 37 65 29 01</span></p>
      <p class="p1"><span class="s1"><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ibcp.fr">http://www.ibcp.fr</a></span></p>
      <p class="p1"><span class="s1"><br>
        </span></p>
    </div>
  </body>
</html>