<div dir="ltr">Fred<div><br></div><div>If you change the input geometry to be C3&#39;-endo, phenix.refine will maintain the geometry by applying the appropriate restraints. I can see how specifying the desired pucker would be nice. If you send me the files, I will work on it.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 27, 2018 at 1:54 PM, Dyda <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:dyda@ulti.niddk.nih.gov" target="_blank">dyda@ulti.niddk.nih.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Hi,<br>
<br>
Is it possible and if so how to change the pucker restraint <br>
for a particular DNA nucleotide from C2&#39;-endo to C3&#39;-endo<br>
in phenix.refine? I have a problem with a terminal nucleotide<br>
that is in an active site and the current C2&#39;-endo doesn&#39;t<br>
seem consistent with the 2Fo-Fc map.<br>
<br>
Thanks for your help.<br>
<br>
 [32m**************************<wbr>******************************<wbr>***********************<br>
Fred Dyda, Ph.D.                       Phone:301-402-4496<br>
Laboratory of Molecular Biology        Fax: 301-496-0201<br>
DHHS/NIH/NIDDK                         <a href="mailto:e-mail%3AFred.Dyda@nih.gov">e-mail:Fred.Dyda@nih.gov</a>  <br>
Bldg. 5. Room 303             <br>
Bethesda, MD 20892-0560      URGENT message e-mail: <a href="mailto:2022476710@mms.att.net">2022476710@mms.att.net</a><br>
Google maps coords: 39.000597, -77.102102<br>
<a href="http://www2.niddk.nih.gov/NIDDKLabs/IntramuralFaculty/DydaFred" rel="noreferrer" target="_blank">http://www2.niddk.nih.gov/<wbr>NIDDKLabs/IntramuralFaculty/<wbr>DydaFred</a><br>
******************************<wbr>******************************<wbr>******************* [m<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.<wbr>org</a><br>
</blockquote></div><br></div>