<div dir="ltr">Folks<div><br></div><div>There was a post from Gerard Bricogne that was lost (as far as I can see) in the internals of MailMan because of a 40Kb size limit and other reasons unknown. It was posted to the CCP4BB so you may have already seen it. Please find it below.</div><div><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div>
<div class="gmail_quote"><br>Subject: Table 1 successor in 3D?<br>Dear all,<br>
<br>
     Bernhard Rupp has just published a &quot;Perspective&quot; article in<br>
Structure, accessible in electronic form at<br>
<br>
 <a href="https://www.cell.com/structure/fulltext/S0969-2126(18)30138-2" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cell.com/<wbr>structure/fulltext/S0969-2126(<wbr>18)30138-2</a><br>
<br>
in which part of his general argument revolves around an example<br>
(given as Figure 1) that he produced by means of the STARANISO server<br>
at <br>
            <a href="http://staraniso.globalphasing.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://staraniso.<wbr>globalphasing.org/</a>     .<br>
<br>
The complete results of his submission to the server have been saved<br>
and may be accessed at<br>
<br>
    <a href="http://staraniso.globalphasing.org/Gallery/Perspective01.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://staraniso.<wbr>globalphasing.org/Gallery/<wbr>Perspective01.html</a><br>
<br>
and it is to these results that I would like to add some annotations<br>
and comments. To help with this, I invite the reader to connect to<br>
this URL, type &quot;+&quot; a couple of times to make the dots bigger, and<br>
press/toggle &quot;h&quot; whenever detailed information on the display, or<br>
selection of some elements, or the thresholds used for colour coding<br>
the displays, needs to be consulted.<br>
<br>
     The main comment is that the WebGL interactive 3D display does<br>
give information that makes visible characteristics that could hardly<br>
be inferred from the very condensed information given in Table 1, and<br>
the annotations will be in the form of a walk through the main<br>
elements of this display.<br>
<br>
     For instance the left-most graphical object (a static view of<br>
which is attached as &quot;Redundancy.png&quot;) shows the 3D distribution of<br>
the redundancy (or multiplicity) of measurements. The view chosen for<br>
the attached picture shows a strong non-uniformity in this redundancy,<br>
with the region dominated by cyan/magenta/white having about twice the<br>
redundancy (in the 6/7/8 range) of that which prevails in the region<br>
dominated by green/yellow (in the 3/5 range). Clear concentric gashes<br>
in both regions, with decreased redundancy, show the effects of the<br>
inter-module gaps on the Pilatus 2M detector of the MASSIF-1 beamline.<br>
The blue spherical cap along the a* axis corresponds to HKLs for which<br>
no measurement is available: it is clearly created by the detector<br>
being too far from the crystal.<br>
<br>
     The second (central) graphical object, of which a view is given<br>
in Figure 1 of Bernhard&#39;s article and another in the attached picture<br>
&quot;Local_I_over_sigI.png&quot;) shows vividly the blue cap of measurements<br>
that were missed but would probably have been significant (had they<br>
been measured) cutting into the green region, where the local average<br>
of I/sig(I) ranges between 16 and 29! If the detector had been placed<br>
closer, significant data extending to perhaps 3.0A resolution would<br>
arguably have been measured from this sample.<br>
<br>
     The right-most graphical object (of which a static view is<br>
attached as &quot;Debye-Waller.png&quot;) depicts the distribution of the<br>
anisotropic Debye-Waller factor (an anisotropic generalisation of the<br>
Wilson B) of the dataset, giving yet another visual hint that good<br>
data were truncated by the edges of a detector placed too far.<br>
<br>
     Apologies for such a long &quot;STARANISO 101&quot; tutorial but Bernhard&#39;s<br>
invitation to lift our eyes from the terse numbers in Table 1 towards<br>
3D illustrations of data quality criteria was irresistible ;-) . His<br>
viewpoint also agrees with one of the main purposes of our STARANISO<br>
developments (beyond the analysis and remediation of anisotropy, about<br>
which one can - and probably will - argue endlessly) namely contribute<br>
to facilitating a more direct and vivid perception by users of the<br>
quality of their data (or lack of it) and to nurturing evidence-based<br>
motivation to make whatever extra effort it takes to improve that<br>
quality. In this case, the undeniable evidence of non-uniformity of<br>
redundancy and of a detector placed too far would give immediate<br>
practical guidance towards doing a better experiment, while statistics<br>
in Table 1 for the same dataset would probably not ... .<br>
<br>
     Thank you Bernhard!<br>
<br>
<br>
     With best wishes,<br>
<br>
          Gerard,<br>
for and on behalf of the STARANISO developers<br>
<br><br></div></div></div>