<div dir="ltr">Hi Charles,<div><br></div><div>I would use any scripting language you are familiar with - python, bash, csh. Here is a bash script adapted from</div><div><a href="https://stackoverflow.com/questions/10523415/bash-script-to-execute-command-on-all-files-in-a-directory">https://stackoverflow.com/questions/10523415/bash-script-to-execute-command-on-all-files-in-a-directory</a><br></div><br><div><div>for file in *.pdb</div><div>do</div><div>  echo $file</div><div>  phenix.molprobity &quot;$file&quot; &gt; &quot;$file&quot;_results.txt</div><div>done</div></div><div><br></div><div>On mac - make a file mpscript put it in a directory with your .pdb, then run</div><div>chmod a+x mpscript</div><div>./mpscript</div><div><br></div><div>Hope it helps.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Oleg Sobolev.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 25, 2018 at 1:39 PM, CPMAS Chen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:cpmasmit@gmail.com" target="_blank">cpmasmit@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, All,<div><br></div><div>I have about 100 structures needs be validated and optimized. what will be a fast way to do so? Can I somehow put phenix.molprobity in a circle?<br clear="all"><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_674535493315817815gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>







<p></p><p>******************************<wbr>*********************</p><p>Charles Chen</p><p>Research Instructor</p><p>University of Pittsburgh School of Medicine</p><p>Department of Anesthesiology</p><p>******************************<wbr>************************</p><p></p></div></div></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.<wbr>org</a><br></blockquote></div><br></div>