<div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>I tried to use AutoSol to solve a SAD date set. The space group is P212121, with two proteins per ASU each containing one SeMet. However, the Hyss would always find 4~5 extra sites per ASU besides the two SeMet residues.</div><div><br></div><div>So my questions are:</div><div>a. Is this normal to have so many more sites identified? Or what might be the problem?<br></div><div>b. Could I remove those extra Se sites during refinement if the occupancy is low or doesn&#39;t make sense biologically?<br></div><div><br></div><div>Here are some details:</div><div>1. Most of the extra sites are around 20% occupancy and not within the range as alternate SeMet side-chain positions. One of them even overlapped with the position where should be a ligand phosphate.<br></div><div><br></div><div>2. The 2Fo-Fc map and AutoBuild solution looked fine, but the Fo-Fc map is kinda noisy with positive peaks showing up within the main-chain density which causes troubles for refinement.</div><div><br></div><div>3. No twining was detected for the dataset. Several space groups have been tried (including no screw axis) and all of the solutions contained more sites than there should be.<br></div><div><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div> </div><div>Please let me know if you encountered similar problems before. Thanks a lot!</div><div><br></div><div>Best regards</div><div>Kaibo<br></div>
<div> </div>
<div><br><font face="comic sans ms,sans-serif"><i>Kaibo Zhang</i><br></font>PULSe, Purdue University</div>
<div>Hockmeyer Hall, Room 321<br>240 S. Martin Jischke Drive, West Lafayette, IN 47907</div>
<div><font size="1">Telephone:</font> 765-337-1955<br><font size="1">E-mail:</font> <a href="mailto:zhang644@purdue.edu" target="_blank">zhang644@purdue.edu</a></div></div></div>
</div></div>