<div dir="ltr">Hi Kaibo,<div><br></div><div>It is normal to find more sites than are in the sequence, both due to multiple conformations of SeMet side chains and due to identifying other anomalous scatterers as Se.  It is fine for you to edit these sites for refinement based on chemical plausibility.   You can also use the difference in f&quot; values for different scatterers to give clues as to the identity of any particular scatterer.  This can be done in phenix.refine.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 9, 2018 at 3:32 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Kaibo,<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
2. The 2Fo-Fc map and AutoBuild solution looked fine, but the Fo-Fc map is kinda noisy with positive peaks showing up within the main-chain density which causes troubles for refinement.<br>
</blockquote>
<br>
what contouring level you use to see Fo-Fc map? Note, usual &quot;3 sigma&quot; is not universally optimal but depends on solvent content. Do you still see lots of artifacts at say 0.35 or 0.4e/A**3 (mean solvent density) ?<br>
<br>
Pavel<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailm<wbr>an/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.o<wbr>rg</a><br>
</blockquote></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">Hello,</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">I tried to use AutoSol to solve a SAD date set. The space group is P212121, with two proteins per ASU each containing one SeMet. However, the Hyss would always find 4~5 extra sites per ASU besides the two SeMet residues.</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">So my questions are:</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">a. Is this normal to have so many more sites identified? Or what might be the problem?<br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">b. Could I remove those extra Se sites during refinement if the occupancy is low or doesn&#39;t make sense biologically?<br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">Here are some details:</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">1. Most of the extra sites are around 20% occupancy and not within the range as alternate SeMet side-chain positions. One of them even overlapped with the position where should be a ligand phosphate.<br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">2. The 2Fo-Fc map and AutoBuild solution looked fine, but the Fo-Fc map is kinda noisy with positive peaks showing up within the main-chain density which causes troubles for refinement.</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">3. No twining was detected for the dataset. Several space groups have been tried (including no screw axis) and all of the solutions contained more sites than there should be.<br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><div><div class="gmail-m_-162420238125133839gmail_signature"><div> </div><div>Please let me know if you encountered similar problems before. Thanks a lot!</div><div><br></div><div>Best regards</div><div>Kaibo<span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><div> </div><div><br><font face="comic sans ms,sans-serif"><i>Kaibo Zhang</i><br></font>PULSe, Purdue University</div><div>Hockmeyer Hall, Room 321<br>240 S. Martin Jischke Drive, West Lafayette, IN 47907</div><div><font size="1">Telephone:</font><span> </span>765-337-1955<br><font size="1">E-mail:</font><span> </span><a href="mailto:zhang644@purdue.edu" target="_blank" style="color:rgb(17,85,204)">zhang644@purdue.edu</a></div></font></span></div></div></div><div class="gmail_extra"><br></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_-5540295574806499138gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div>100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@<wbr>newmexicoconsortium.org</a></div><div>Tel: 505-431-0033</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div>