<html><head><style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">Hi Eike -&nbsp;</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;">There is no space between the altloc and residue name fields in the PDB format (per&nbsp;<a href="http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/sect9.html#HETATM">HETATM specification</a>). &nbsp;Here, the residue name is FAH, and the altloc is A/B. &nbsp;Try:</div><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px; color: rgba(0,0,0,1.0); margin: 0px; line-height: auto;"><br></div><div id="bloop_customfont" style="margin: 0px;">&nbsp; &nbsp; chain C and resseq 1 and altloc B and resname FAH and name C3</div> <div><br></div>Hope that helps.<div><br> <div id="bloop_sign_1531844610753859072" class="bloop_sign"></div> Cheers,<div>Jared</div><div><br><p class="airmail_on">On July 17, 2018 at 12:11:37 PM, Schulz, Eike-Christian (<a href="mailto:eike.schulz@mpsd.mpg.de">eike.schulz@mpsd.mpg.de</a>) wrote:</p> <blockquote type="cite" class="clean_bq"><span><div lang="DE" link="blue" vlink="purple"><div></div><div>






<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Any idea how I can select only 1 out of the 2 alternate conformations ?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">My PDB file:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">HETATM 5039&nbsp; OT AFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.082&nbsp; 15.814&nbsp;&nbsp; 2.201&nbsp; 0.50 24.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">HETATM 5040&nbsp; C&nbsp; AFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.568&nbsp; 15.712&nbsp;&nbsp; 3.241&nbsp; 0.50 28.20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">HETATM 5041&nbsp; O&nbsp; AFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.451&nbsp; 16.466&nbsp;&nbsp; 3.591&nbsp; 0.50 22.71&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">HETATM 5042&nbsp; C3 AFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.136&nbsp; 14.590&nbsp;&nbsp; 4.170&nbsp; 0.50 19.02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">HETATM 5043&nbsp; F&nbsp; AFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.265&nbsp; 13.714&nbsp;&nbsp; 3.608&nbsp; 0.50 34.13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">HETATM 5044&nbsp; OT BFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.119&nbsp; 15.728&nbsp;&nbsp; 2.366&nbsp; 0.50 24.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">HETATM 5045&nbsp; C&nbsp; BFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.613&nbsp; 15.673&nbsp;&nbsp; 3.487&nbsp; 0.50 28.20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">HETATM 5046&nbsp; O&nbsp; BFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.519&nbsp; 16.468&nbsp;&nbsp; 3.737&nbsp; 0.50 22.71&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">HETATM 5047&nbsp; C3 BFAH C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.307&nbsp; 14.473&nbsp;&nbsp; 4.424&nbsp; 0.50 19.02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I provide <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">refinement.geometry_restraints.edits {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp; bond {<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; action = *add<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom_selection_1 = chain A and resseq 110 and name OD2<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom_selection_2 = chain C and resseq 1 and resname BFAH and name C3<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; distance_ideal = 1.43<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma = 0.04<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; slack = None<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp;&nbsp; }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">&nbsp; }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">But the result is:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-family:Consolas">Sorry: No atom selected: "chain C and resseq 1 and resname BFAH and name C3"<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Cheers, <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Eike<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Christian Roth &lt;christianroth034@gmail.com&gt;<br>
<b>Date: </b>Tuesday, 17. July 2018 at 16:03<br>
<b>To: </b>Eike-Christian Schulz &lt;eike.schulz@mpsd.mpg.de&gt;<br>
<b>Cc: </b>PHENIX user mailing list &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: [phenixbb] FW: Occupancy / alternate conformation Refinement<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">Ahh I see. Yes I think you are better off letting the Asn be an amino acid and have the ligand on its own. with an appropriate link record.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">Good luck!<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">Christian<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:36.0pt">On Tue, Jul 17, 2018 at 3:52 PM Schulz, Eike-Christian &lt;<a href="mailto:eike.schulz@mpsd.mpg.de">eike.schulz@mpsd.mpg.de</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">Hi Christian, </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">the Asn side chain is to which the ligand attaches has only 1 conformation – hence the occupancy for all these atoms is 1.
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">… but using a LINK might be a good option. </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">Thanks, </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">Eike</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:36.0pt">
<span lang="EN-US">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
<b><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">Christian Roth &lt;<a href="mailto:christianroth034@gmail.com" target="_blank">christianroth034@gmail.com</a>&gt;<br>
<b>Date: </b>Tuesday, 17. July 2018 at 15:25<br>
<b>To: </b>Eike-Christian Schulz &lt;eike.schu</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><a href="mailto:lz@mpsd.mpg.de" target="_blank">lz@mpsd.mpg.de</a>&gt;<br>
<b>Cc: </b>PHENIX user mailing list &lt;<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: [phenixbb] FW: Occupancy / alternate conformation Refinement</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
Hi Eike, <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
why have some of your ligand atoms have occupancy of 1 and some 0.5.?&nbsp; I have had thought all atoms of the ligand are 0.5 for the two states and you create a link for one of them to which is the intermediate. You might have to add a constrained group as well,
 though nowadays phenix might handle that automatically.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
Cheers<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
Christian<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
&nbsp;<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
On Tue, Jul 17, 2018 at 3:15 PM Schulz, Eike-Christian &lt;<a href="mailto:eike.schulz@mpsd.mpg.de" target="_blank">eike.schulz@mpsd.mpg.de</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0cm;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;margin-left:72.0pt">
&nbsp; &nbsp; Dear all, <br>
<br>
&nbsp; &nbsp; In one of my structures I appear to have a mixed state between a covalently bound intermediate and the free substrate occupying _almost_ the same position. I can model the states nicely in coot, but during refinement the molecules “fly” apart - although
 the occupancy was limited to 0.5 for their overlapping atoms.&nbsp; <br>
<br>
&nbsp; &nbsp; I have tried to model the free ligand as an alternate conformation of the covalent intermediate:
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 852&nbsp; N&nbsp; &nbsp;ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.523&nbsp; 15.702&nbsp; 10.022&nbsp; 1.00 14.48&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;N&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 853&nbsp; CA&nbsp; ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;9.974&nbsp; 15.713&nbsp; &nbsp;8.664&nbsp; 1.00 15.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 854&nbsp; C&nbsp; &nbsp;ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;8.635&nbsp; 16.385&nbsp; &nbsp;8.683&nbsp; 1.00 14.31&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 855&nbsp; O&nbsp; &nbsp;ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;8.563&nbsp; 17.443&nbsp; &nbsp;9.233&nbsp; 1.00 13.03&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 856&nbsp; CB&nbsp; ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.053&nbsp; 14.307&nbsp; &nbsp;8.091&nbsp; 1.00 11.72&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 857&nbsp; CG&nbsp; ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;9.774&nbsp; 14.157&nbsp; &nbsp;6.621&nbsp; 1.00 15.26&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 858&nbsp; OD1 ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.688&nbsp; 14.485&nbsp; &nbsp;5.644&nbsp; 1.00 19.29&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 859&nbsp; OD2 ASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;8.693&nbsp; 13.880&nbsp; &nbsp;6.340&nbsp; 1.00 13.36&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 860&nbsp; C1 AASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.637&nbsp; 15.649&nbsp; &nbsp;3.353&nbsp; 0.50 27.61&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 861&nbsp; C2 AASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.231&nbsp; 14.480&nbsp; &nbsp;4.266&nbsp; 0.50 32.98&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 862&nbsp; O1 AASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 11.505&nbsp; 16.454&nbsp; &nbsp;3.690&nbsp; 0.50 31.63&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM&nbsp; 863&nbsp; O2 AASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.085&nbsp; 15.787&nbsp; &nbsp;2.280&nbsp; 0.50 21.80&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM 4742&nbsp; O2 BASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.072&nbsp; 15.815&nbsp; &nbsp;2.191&nbsp; 0.50 24.78&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM 4743&nbsp; C1 BASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.573&nbsp; 15.717&nbsp; &nbsp;3.221&nbsp; 0.50 28.20&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM 4744&nbsp; O1 BASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 11.449&nbsp; 16.458&nbsp; &nbsp;3.619&nbsp; 0.50 22.71&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM 4745&nbsp; C2 BASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.107&nbsp; 14.567&nbsp; &nbsp;4.152&nbsp; 0.50 19.02&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C&nbsp;
<br>
&nbsp; &nbsp; HETATM 4746&nbsp; F&nbsp; BASB A 110&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;9.287&nbsp; 13.735&nbsp; &nbsp;3.610&nbsp; 0.50 34.13&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;F<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; Although I have provided a new CIF file for the ligand named according to the alternate conformation this causes phenix to crash.
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; How can I correctly refine these overlapping atoms ?<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; Thanks for your advice, <br>
<br>
&nbsp; &nbsp; Eike<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><o:p></o:p></p>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>


_______________________________________________
<br>phenixbb mailing list
<br>phenixbb@phenix-online.org
<br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb
<br>Unsubscribe: phenixbb-leave@phenix-online.org</div></div></span></blockquote></div></div></body></html>