<div dir="ltr"><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:&quot;Segoe UI&quot;,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:medium;margin:14pt 30pt"><div><div><font color="#0B5394">Dear All,</font></div><div><font color="#0B5394"><br></font></div><div><font color="#0B5394">I have a protein-ligand complex cryo-EM data. The ligand is a primary amine, which at the neutral pH used during data collection, should be NH3+ (alkyl-amonium). However, during realspace refine and despite having provided the CIF file (elbow generated alkyl-ammonium form), the molecule keeps &quot;exploding&quot;. Instead, the &#39;NH2 form&#39; (alkyl-amine) remains stable during refinement and most of the pdb entries having alkylammonium molecules have modeled them as the amine form even when they are expected to be positively charged. Thus, it seems to me that other groups may have gone through the same difficulties when trying to refine ammonium groups. </font></div><div><font color="#0B5394"><br></font></div><div><font color="#0B5394">We have already tried:</font></div><div><font color="#0B5394">* Ligand build in Lidia and tried prodrg with error (<font face="monospace" size="3" color="#CC0000"><span style="background-color:rgb(238,238,238)"><b>Unrecognised REFMAC atom type &#39;HCH3&#39; in input</b></span></font>)</font></div><div><font color="#0B5394">* Refmac Acedrg (run201 Error in wrapper refmac)</font></div><div><font color="#0B5394"><br></font></div><div><font color="#0B5394">Please help me fix this. I could refine using the amine form, but I know that the amine form is not right.<br></font></div><div><font color="#0B5394"><br></font></div><div><font color="#0B5394">Thank you very much, in advance.</font></div></div></div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Promod Jaykar, Ph.D.</div></div></div>