<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
I don’t think the two things are related, but - when running under Mac OS the refinement tests of Rosetta (3.9 = 2018.09.60072) with PHENIX 1.14-3260 - I am also getting a (different) RuntimeError. The same test suite worked just fine with 1.13, so maybe there’s
 some general Rosetta compatibility issue with 1.14?
<div class="">Best, Luca
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 6 Oct 2018, at 15:12, Simone Pellegrino &lt;<a href="mailto:simonpelle81@gmail.com" class="">simonpelle81@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div class="">Dear all,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I encounter a problem running the rosetta.run_tests after having compiled rosetta for interfacing with phenix. I have the following error:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">DEBUG dumping error message<br class="">
ERROR: Rosetta exited with status 139<br class="">
stderr output:<br class="">
Segmentation fault (core dumped)<br class="">
Traceback (most recent call last):<br class="">
&nbsp; File &quot;/home/Downloads/phenix-installer-1.14-3260-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/build/../modules/phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 307, in &lt;module&gt;<br class="">
&nbsp;&nbsp;&nbsp; run(sys.argv[1:], create_dir=True)<br class="">
&nbsp; File &quot;/home/Downloads/phenix-installer-1.14-3260-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/build/../modules/phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 191, in run<br class="">
&nbsp;&nbsp;&nbsp; debug=params.output.debug)<br class="">
&nbsp; File &quot;/home/Downloads/phenix-installer-1.14-3260-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/modules/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 313, in __init__<br class="">
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.run_jobs()<br class="">
&nbsp; File &quot;/home/Downloads/phenix-installer-1.14-3260-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/modules/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 387, in run_jobs<br class="">
&nbsp;&nbsp;&nbsp; check_result(result)<br class="">
&nbsp; File &quot;/home/Downloads/phenix-installer-1.14-3260-intel-linux-2.6-x86_64-centos6/modules/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 378, in check_result<br class="">
&nbsp;&nbsp;&nbsp; raise RuntimeError(&quot;Aborted due to error in job %d.&quot; % result.job_id)<br class="">
RuntimeError: Aborted due to error in job 1.<br class="">
<br class="">
</div>
<div class="">Could you please help me in solving this issue?</div>
<div class="">Many thanks in advance</div>
<div class="">Best regards</div>
<div class="">Simone<br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
-- <br class="">
<div dir="ltr" class="gmail_signature">Dr. Simone Pellegrino<br class="">
I.G.B.M.C.<br class="">
1, Rue Laurent Fries<br class="">
67404 Illkirch Cedex<br class="">
France</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
phenixbb mailing list<br class="">
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" class="">phenixbb@phenix-online.org</a><br class="">
http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br class="">
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" class="">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></div>
</blockquote>
<br class="">
</div>
<div>//</div>
<div><br class="">
</div>
<div>
<div>OSX&gt; rosetta.run_tests</div>
<div>Running Rosetta refinement tests</div>
<div>/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.pdb</div>
<div>/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz</div>
<div>phenix.rosetta_refine /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.pdb /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz number_of_models=2</div>
<div><br class="">
</div>
<div>============================== Collecting inputs ==============================</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Processing X-ray data----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>F-obs:</div>
<div>&nbsp; /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:FOBS_X,SIGFOBS_X</div>
<div>Miller array info: /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:FOBS_X,SIGFOBS_X</div>
<div>Observation type: xray.amplitude</div>
<div>Type of data: double, size=495</div>
<div>Type of sigmas: double, size=495</div>
<div>Number of Miller indices: 495</div>
<div>Anomalous flag: False</div>
<div>Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div>Systematic absences: 0</div>
<div>Centric reflections: 199</div>
<div>Resolution range: 22.4416 1.80066</div>
<div>Completeness in resolution range: 0.895118</div>
<div>Completeness with d_max=infinity: 0.895118</div>
<div>Wavelength: 1.0000</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of F-obs in resolution range: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 495</div>
<div>Number of F-obs&lt;0 (these reflections will be rejected): 0</div>
<div>Number of F-obs=0 (these reflections will be used in refinement): 0</div>
<div>Refinement resolution range: d_max = &nbsp;22.4416</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;d_min = &nbsp; 1.8007</div>
<div><br class="">
</div>
<div>R-free flags:</div>
<div>&nbsp; /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:R-free-flags</div>
<div>Miller array info: /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:R-free-flags</div>
<div>Observation type: None</div>
<div>Type of data: int, size=495</div>
<div>Type of sigmas: None</div>
<div>Number of Miller indices: 495</div>
<div>Anomalous flag: False</div>
<div>Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div>Systematic absences: 0</div>
<div>Centric reflections: 199</div>
<div>Resolution range: 22.4416 1.80066</div>
<div>Completeness in resolution range: 0.895118</div>
<div>Completeness with d_max=infinity: 0.895118</div>
<div>Wavelength: 1.0000</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Test (R-free flags) flag value: 1</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of work/free reflections by resolution:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; work free &nbsp;%free</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;1: 22.4433 - &nbsp;3.8734 [61/70] &nbsp; 59 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 3.3%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;2: &nbsp;3.8734 - &nbsp;3.0770 [53/58] &nbsp; 49 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 7.5%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;3: &nbsp;3.0770 - &nbsp;2.6887 [49/55] &nbsp; 46 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; 6.1%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;4: &nbsp;2.6887 - &nbsp;2.4432 [37/40] &nbsp; 35 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 5.4%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;5: &nbsp;2.4432 - &nbsp;2.2683 [62/66] &nbsp; 60 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 3.2%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;6: &nbsp;2.2683 - &nbsp;2.1347 [51/56] &nbsp; 49 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 3.9%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;7: &nbsp;2.1347 - &nbsp;2.0278 [50/55] &nbsp; 46 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 8.0%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;8: &nbsp;2.0278 - &nbsp;1.9396 [49/56] &nbsp; 49 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; 0.0%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;9: &nbsp;1.9396 - &nbsp;1.8650 [43/50] &nbsp; 42 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; 2.3%</div>
<div>&nbsp; bin 10: &nbsp;1.8650 - &nbsp;1.8007 [40/47] &nbsp; 40 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; 0.0%</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; overall &nbsp;475 &nbsp; 20 &nbsp; 4.0%</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Processing PDB file(s)----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Monomer Library directory:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &quot;/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/chem_data/mon_lib&quot;</div>
<div>&nbsp; Total number of atoms: 66</div>
<div>&nbsp; Number of models: 1</div>
<div>&nbsp; Model: &quot;&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Number of chains: 2</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Chain: &quot;A&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of atoms: 59</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of conformers: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Conformer: &quot;&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of residues, atoms: 7, 59</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Classifications: {'peptide': 7}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Modifications used: {'COO': 1}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Link IDs: {'TRANS': 6}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Chain: &quot; &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of atoms: 7</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of conformers: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Conformer: &quot;&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of residues, atoms: 7, 7</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Classifications: {'water': 7}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Link IDs: {None: 6}</div>
<div>&nbsp; Time building chain proxies: 0.06, per 1000 atoms: 0.91</div>
<div>&nbsp; Number of scatterers: 66</div>
<div>&nbsp; At special positions: 0</div>
<div>&nbsp; Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>&nbsp; Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div>&nbsp; Number of sites at special positions: 0</div>
<div>&nbsp; Number of scattering types: 3</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Type Number &nbsp; &nbsp;sf(0)</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp; &nbsp;8.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;7.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; sf(0) = scattering factor at diffraction angle 0.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Number of disulfides: simple=0, symmetry=0</div>
<div>&nbsp; Custom bonds:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring bond with distance_ideal = None:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_1 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_2 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom bonds: 0</div>
<div>&nbsp; Custom angles:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring angle with angle_ideal = None:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_1 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_2 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_3 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom angles: 0</div>
<div>&nbsp; Custom dihedrals:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring dihedral with angle_ideal = None:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_1 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_2 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_3 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_4 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom dihedrals: 0</div>
<div>&nbsp; Custom planarities:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring planarity with with sigma &lt;= 0:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection = None</div>
<div>None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom planarities: 0</div>
<div>&nbsp; Custom parallelities:</div>
<div>Warning: Ignoring parallelity with empty atom selection.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom parallelities: 0</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Automatic linking</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Parameters for automatic linking</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Linking &amp; cutoffs</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Metal &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: False - 3.50</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Amimo acid &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : False - 1.90</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Carbohydrate &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : True &nbsp;- 1.99</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Ligands &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: True &nbsp;- 1.99</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Small molecules &nbsp; &nbsp; &nbsp;: False - 1.98</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Amino acid - RNA/DNA : False</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Number of custom bonds: simple=0, symmetry=0</div>
<div>&nbsp; Time building additional restraints: 0.01</div>
<div>&nbsp; Conformation dependent library (CDL) restraints added in 3.8 milliseconds</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Adding C-beta torsion restraints...</div>
<div>&nbsp; Number of C-beta restraints generated: &nbsp;12</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Time building geometry restraints manager: 0.03 seconds</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; NOTE: a complete listing of the restraints can be obtained by requesting</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; output of .geo file.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of bond lengths:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.23 - &nbsp; &nbsp; 1.29: 13</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.29 - &nbsp; &nbsp; 1.36: 11</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.36 - &nbsp; &nbsp; 1.42: 7</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.42 - &nbsp; &nbsp; 1.49: 6</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.49 - &nbsp; &nbsp; 1.55: 22</div>
<div>&nbsp; Bond restraints: 59</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; N &nbsp; GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CA &nbsp;GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.451 &nbsp;1.507 -0.056 1.60e-02 3.91e&#43;03 1.23e&#43;01</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.522 &nbsp;1.553 -0.030 1.18e-02 7.18e&#43;03 6.53e&#43;00</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.460 &nbsp;1.485 -0.025 1.17e-02 7.31e&#43;03 4.40e&#43;00</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.524 &nbsp;1.498 &nbsp;0.025 1.26e-02 6.30e&#43;03 4.00e&#43;00</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.526 &nbsp;1.504 &nbsp;0.022 1.28e-02 6.10e&#43;03 2.85e&#43;00</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 54 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of bond angle deviations from ideal:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 107.05 - &nbsp; 110.59: 8</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 110.59 - &nbsp; 114.13: 19</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 114.13 - &nbsp; 117.67: 11</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 117.67 - &nbsp; 121.21: 23</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 121.21 - &nbsp; 124.75: 18</div>
<div>&nbsp; Bond angle restraints: 79</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; N &nbsp; ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;108.90 &nbsp;113.48 &nbsp; -4.58 1.63e&#43;00 3.76e-01 7.90e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;108.02 &nbsp;111.93 &nbsp; -3.91 1.78e&#43;00 3.16e-01 4.84e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;120.33 &nbsp;122.27 &nbsp; -1.94 1.08e&#43;00 8.57e-01 3.23e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;120.38 &nbsp;122.31 &nbsp; -1.93 1.09e&#43;00 8.42e-01 3.13e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;123.00 &nbsp;120.57 &nbsp; &nbsp;2.43 1.38e&#43;00 5.25e-01 3.09e&#43;00</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 74 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of dihedral angle deviations from ideal:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.04 - &nbsp; &nbsp;14.51: 26</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.51 - &nbsp; &nbsp;28.98: 5</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;28.98 - &nbsp; &nbsp;43.45: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;43.45 - &nbsp; &nbsp;57.92: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;57.92 - &nbsp; &nbsp;72.39: 1</div>
<div>&nbsp; Dihedral angle restraints: 34</div>
<div>&nbsp; &nbsp; sinusoidal: 15</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; harmonic: 19</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; dihedral pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp;harmonic &nbsp; &nbsp; sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;180.00 &nbsp;166.21 &nbsp; 13.79 &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5.00e&#43;00 4.00e-02 7.60e&#43;00</div>
<div>&nbsp; dihedral pdb=&quot; CB &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CG &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CD &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; OE1 GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta sinusoidal &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00 &nbsp;-72.39 &nbsp; 72.39 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.00e&#43;01 1.11e-03 4.85e&#43;00</div>
<div>&nbsp; dihedral pdb=&quot; CB &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CG &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CD &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; OE1 GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta sinusoidal &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00 &nbsp; 54.08 &nbsp;-54.08 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.00e&#43;01 1.11e-03 3.50e&#43;00</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 31 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of chiral volume deviations from ideal:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 - &nbsp; &nbsp;0.024: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.024 - &nbsp; &nbsp;0.047: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.047 - &nbsp; &nbsp;0.071: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.071 - &nbsp; &nbsp;0.094: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.094 - &nbsp; &nbsp;0.118: 2</div>
<div>&nbsp; Chirality restraints: 6</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; chirality pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CB &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; both_signs &nbsp;ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; False &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.51 &nbsp; &nbsp;2.39 &nbsp; &nbsp;0.12 2.00e-01 2.50e&#43;01 3.48e-01</div>
<div>&nbsp; chirality pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CB &nbsp;ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; both_signs &nbsp;ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; False &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.51 &nbsp; &nbsp;2.62 &nbsp; -0.11 2.00e-01 2.50e&#43;01 2.86e-01</div>
<div>&nbsp; chirality pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CB &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; both_signs &nbsp;ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; False &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.51 &nbsp; &nbsp;2.43 &nbsp; &nbsp;0.08 2.00e-01 2.50e&#43;01 1.80e-01</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 3 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Planarity restraints: 13</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight rms_deltas residual</div>
<div>&nbsp; plane pdb=&quot; CB &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03 &nbsp; 9.66e-03 1.87e&#43;00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CG &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; &nbsp;0.022 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CD1 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.004 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CD2 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.008 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CE1 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.001 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CE2 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; &nbsp;0.002 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CZ &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.011 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; OH &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; &nbsp;0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight rms_deltas residual</div>
<div>&nbsp; plane pdb=&quot; CB &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; &nbsp;0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03 &nbsp; 1.19e-02 1.42e&#43;00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CG &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; -0.021 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; OD1 ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; &nbsp;0.008 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; ND2 ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; &nbsp;0.007 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight rms_deltas residual</div>
<div>&nbsp; plane pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot; &nbsp; &nbsp;0.005 2.00e-02 2.50e&#43;03 &nbsp; 1.09e-02 1.18e&#43;00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot; &nbsp; -0.019 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot; &nbsp; &nbsp;0.007 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot; &nbsp; &nbsp;0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 10 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of nonbonded interaction distances:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.53 - &nbsp; &nbsp; 3.00: 50</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.00 - &nbsp; &nbsp; 3.48: 107</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.48 - &nbsp; &nbsp; 3.95: 243</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.95 - &nbsp; &nbsp; 4.42: 255</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.42 - &nbsp; &nbsp; 4.90: 523</div>
<div>&nbsp; Nonbonded interactions: 1178</div>
<div>&nbsp; Sorted by model distance:</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; OH &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;11 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.525 2.440 -x&#43;1,y-1/2,-z&#43;1</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;11 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; OH &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.525 2.440 -x&#43;1,y&#43;1/2,-z&#43;1</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;14 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;13 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.634 2.440 x,y-1,z</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;13 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;14 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.634 2.440 x,y&#43;1,z</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; N &nbsp; GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.665 2.496</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 1173 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; NOTE: a complete listing of the restraints can be obtained by requesting</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; output of .geo file.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>============================== Scattering factors =============================</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ----------X-ray scattering dictionary----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of scattering types: 3</div>
<div>&nbsp; Type Number &nbsp; &nbsp;sf(0) &nbsp; Gaussians</div>
<div>&nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp; &nbsp;7.97 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
<div>&nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.97 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
<div>&nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5.97 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
<div>&nbsp; sf(0) = scattering factor at diffraction angle 0.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of scatterers: 66</div>
<div>At special positions: 0</div>
<div>Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ----------F(model) initialization----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Twinning will be detected automatically.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;start: r(all,work,free)=0.2072 0.2084 0.1924 n_refl.: 495</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;re-set all scales: r(all,work,free)=0.2072 0.2084 0.1924 n_refl.: 495</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;remove outliers: r(all,work,free)=0.2103 0.2117 0.1924 n_refl.: 493</div>
<div>bulk-solvent and scaling: r(all,work,free)=0.1755 0.1758 0.1728 n_refl.: 493</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;remove outliers: r(all,work,free)=0.1755 0.1758 0.1728 n_refl.: 493</div>
<div>|--(resolution: 1.80 - 22.44 A, n_refl.=493 (all), 4.06 &nbsp;% free)--------------|</div>
<div>| &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>| r_work= 0.1758 r_free= 0.1728 coordinate error (max.-lik. estimate): 0.00 A |</div>
<div>| &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>| normalized target function (ml) (work): 2.637727 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| target function (ml) not normalized (work): 1247.644901 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>| target function (ml) not normalized (free): 60.766973 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>|-----------------------------------------------------------------------------|</div>
<div><br class="">
</div>
<div>End of input processing</div>
<div><br class="">
</div>
<div>======================= ROSETTA/PHENIX X-ray refinement =======================</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Output directory:</div>
<div>&nbsp; /usr/local/rosetta/rosetta-2018.09.60072/test/rosetta_1</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Setting up input files for Rosetta----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>/usr/local/rosetta/rosetta-2018.09.60072/main/source</div>
<div>|-starting model--------------------------------------------------------------|</div>
<div>| target_work(ml) = 2.63773 &nbsp;r_work = 0.1758 &nbsp;r_free = 0.1728 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>|-----------------------------------------------------------------------------|</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Validation statistics (starting model):</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Ramachandran outliers = &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; favored = 100.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Rotamer outliers &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; C-beta deviations &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp; 0</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Clashscore &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; RMS(bonds) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.0000</div>
<div>&nbsp; &nbsp; RMS(angles) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; 0.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; MolProbity score &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.50</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Rosetta command-line arguments:</div>
<div>&nbsp; -parser:protocol /usr/local/rosetta/rosetta-2018.09.60072/main/source/src/apps/public/crystal_refinement/low_resolution_refine.xml</div>
<div>&nbsp; -s 1yjp_rosetta_in.pdb</div>
<div>&nbsp; -mtzfile 1yjp_rosetta_data.mtz</div>
<div>&nbsp; -run:preserve_header</div>
<div>&nbsp; -crystal_refine</div>
<div>&nbsp; -parser:script_vars symmdef=1yjp_rosetta.symm</div>
<div>&nbsp; -parser:script_vars bfactstrat=individual</div>
<div>&nbsp; -parser:script_vars map_type=Auto</div>
<div>&nbsp; -nstruct 1</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Generating 2 models on 1 processors...</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1: r_work = 0.4326 &nbsp;r_free = 0.4380 &nbsp;energy = &nbsp; -19.44 &nbsp;rmsd = 26.004 ***</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 2: r_work = 0.3910 &nbsp;r_free = 0.5014 &nbsp;energy = &nbsp; &nbsp;34.57 &nbsp;rmsd = 12.233</div>
<div><br class="">
</div>
<div>|-after ROSETTA---------------------------------------------------------------|</div>
<div>| target_work(ml) = 3.3273 &nbsp;r_work = 0.4326 &nbsp;r_free = 0.4380 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>|-----------------------------------------------------------------------------|</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Validation statistics after ROSETTA:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Ramachandran outliers = &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; favored = 100.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Rotamer outliers &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; C-beta deviations &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp; 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Clashscore &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;18.69</div>
<div>&nbsp; &nbsp; RMS(bonds) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.0000</div>
<div>&nbsp; &nbsp; RMS(angles) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; 0.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; MolProbity score &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 1.77</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Running phenix.refine (with null strategy)----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>start &nbsp; r_work=0.4915 &nbsp;r_free=0.4690</div>
<div>1_bss &nbsp; r_work=0.3789 &nbsp;r_free=0.4327</div>
<div>end &nbsp; &nbsp; r_work=0.3789 &nbsp;r_free=0.4327</div>
<div>&nbsp; Ramachandran outliers = &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; favored = 100.00 %</div>
<div>&nbsp; Rotamer outliers &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; C-beta deviations &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp; 1</div>
<div>&nbsp; Clashscore &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;19.05</div>
<div>&nbsp; RMS(bonds) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.0000</div>
<div>&nbsp; RMS(angles) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; 0.00</div>
<div>&nbsp; MolProbity score &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 1.78</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Final results----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Refined model: 1yjp_rosetta_phenix_001.pdb</div>
<div>Final maps: &nbsp; &nbsp;1yjp_rosetta_phenix_001.mtz</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Elapsed time: 669.9s</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Citation:</div>
<div><br class="">
</div>
<div>DiMaio F., Echols N., Headd J.J., Terwilliger T.C., Adams P.D., and Baker D.</div>
<div>(2013). Improved low-resolution crystallographic refinement with Phenix and</div>
<div>Rosetta. Nat Methods 10, 1102-4.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>phenix.rosetta_refine /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.pdb /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz number_of_models=2 nproc=2</div>
<div><br class="">
</div>
<div>============================== Collecting inputs ==============================</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Processing X-ray data----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>F-obs:</div>
<div>&nbsp; /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:FOBS_X,SIGFOBS_X</div>
<div>Miller array info: /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:FOBS_X,SIGFOBS_X</div>
<div>Observation type: xray.amplitude</div>
<div>Type of data: double, size=495</div>
<div>Type of sigmas: double, size=495</div>
<div>Number of Miller indices: 495</div>
<div>Anomalous flag: False</div>
<div>Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div>Systematic absences: 0</div>
<div>Centric reflections: 199</div>
<div>Resolution range: 22.4416 1.80066</div>
<div>Completeness in resolution range: 0.895118</div>
<div>Completeness with d_max=infinity: 0.895118</div>
<div>Wavelength: 1.0000</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of F-obs in resolution range: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 495</div>
<div>Number of F-obs&lt;0 (these reflections will be rejected): 0</div>
<div>Number of F-obs=0 (these reflections will be used in refinement): 0</div>
<div>Refinement resolution range: d_max = &nbsp;22.4416</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;d_min = &nbsp; 1.8007</div>
<div><br class="">
</div>
<div>R-free flags:</div>
<div>&nbsp; /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:R-free-flags</div>
<div>Miller array info: /usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix_regression/refinement/data/1yjp.mtz:R-free-flags</div>
<div>Observation type: None</div>
<div>Type of data: int, size=495</div>
<div>Type of sigmas: None</div>
<div>Number of Miller indices: 495</div>
<div>Anomalous flag: False</div>
<div>Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div>Systematic absences: 0</div>
<div>Centric reflections: 199</div>
<div>Resolution range: 22.4416 1.80066</div>
<div>Completeness in resolution range: 0.895118</div>
<div>Completeness with d_max=infinity: 0.895118</div>
<div>Wavelength: 1.0000</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Test (R-free flags) flag value: 1</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of work/free reflections by resolution:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; work free &nbsp;%free</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;1: 22.4433 - &nbsp;3.8734 [61/70] &nbsp; 59 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 3.3%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;2: &nbsp;3.8734 - &nbsp;3.0770 [53/58] &nbsp; 49 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 7.5%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;3: &nbsp;3.0770 - &nbsp;2.6887 [49/55] &nbsp; 46 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; 6.1%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;4: &nbsp;2.6887 - &nbsp;2.4432 [37/40] &nbsp; 35 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 5.4%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;5: &nbsp;2.4432 - &nbsp;2.2683 [62/66] &nbsp; 60 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 3.2%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;6: &nbsp;2.2683 - &nbsp;2.1347 [51/56] &nbsp; 49 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; 3.9%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;7: &nbsp;2.1347 - &nbsp;2.0278 [50/55] &nbsp; 46 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 8.0%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;8: &nbsp;2.0278 - &nbsp;1.9396 [49/56] &nbsp; 49 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; 0.0%</div>
<div>&nbsp; bin &nbsp;9: &nbsp;1.9396 - &nbsp;1.8650 [43/50] &nbsp; 42 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; 2.3%</div>
<div>&nbsp; bin 10: &nbsp;1.8650 - &nbsp;1.8007 [40/47] &nbsp; 40 &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; 0.0%</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; overall &nbsp;475 &nbsp; 20 &nbsp; 4.0%</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Processing PDB file(s)----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Monomer Library directory:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &quot;/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/chem_data/mon_lib&quot;</div>
<div>&nbsp; Total number of atoms: 66</div>
<div>&nbsp; Number of models: 1</div>
<div>&nbsp; Model: &quot;&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Number of chains: 2</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Chain: &quot;A&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of atoms: 59</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of conformers: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Conformer: &quot;&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of residues, atoms: 7, 59</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Classifications: {'peptide': 7}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Modifications used: {'COO': 1}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Link IDs: {'TRANS': 6}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Chain: &quot; &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of atoms: 7</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of conformers: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Conformer: &quot;&quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Number of residues, atoms: 7, 7</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Classifications: {'water': 7}</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Link IDs: {None: 6}</div>
<div>&nbsp; Time building chain proxies: 0.06, per 1000 atoms: 0.91</div>
<div>&nbsp; Number of scatterers: 66</div>
<div>&nbsp; At special positions: 0</div>
<div>&nbsp; Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>&nbsp; Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div>&nbsp; Number of sites at special positions: 0</div>
<div>&nbsp; Number of scattering types: 3</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Type Number &nbsp; &nbsp;sf(0)</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp; &nbsp;8.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;7.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; sf(0) = scattering factor at diffraction angle 0.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Number of disulfides: simple=0, symmetry=0</div>
<div>&nbsp; Custom bonds:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring bond with distance_ideal = None:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_1 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_2 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom bonds: 0</div>
<div>&nbsp; Custom angles:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring angle with angle_ideal = None:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_1 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_2 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_3 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom angles: 0</div>
<div>&nbsp; Custom dihedrals:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring dihedral with angle_ideal = None:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_1 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_2 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_3 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection_4 = None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom dihedrals: 0</div>
<div>&nbsp; Custom planarities:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Warning: Ignoring planarity with with sigma &lt;= 0:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; atom_selection = None</div>
<div>None</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom planarities: 0</div>
<div>&nbsp; Custom parallelities:</div>
<div>Warning: Ignoring parallelity with empty atom selection.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Total number of custom parallelities: 0</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Automatic linking</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Parameters for automatic linking</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; Linking &amp; cutoffs</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Metal &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: False - 3.50</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Amimo acid &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : False - 1.90</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Carbohydrate &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; : True &nbsp;- 1.99</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Ligands &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: True &nbsp;- 1.99</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Small molecules &nbsp; &nbsp; &nbsp;: False - 1.98</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Amino acid - RNA/DNA : False</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Number of custom bonds: simple=0, symmetry=0</div>
<div>&nbsp; Time building additional restraints: 0.01</div>
<div>&nbsp; Conformation dependent library (CDL) restraints added in 2.9 milliseconds</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Adding C-beta torsion restraints...</div>
<div>&nbsp; Number of C-beta restraints generated: &nbsp;12</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Time building geometry restraints manager: 0.01 seconds</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; NOTE: a complete listing of the restraints can be obtained by requesting</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; output of .geo file.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of bond lengths:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.23 - &nbsp; &nbsp; 1.29: 13</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.29 - &nbsp; &nbsp; 1.36: 11</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.36 - &nbsp; &nbsp; 1.42: 7</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.42 - &nbsp; &nbsp; 1.49: 6</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.49 - &nbsp; &nbsp; 1.55: 22</div>
<div>&nbsp; Bond restraints: 59</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; N &nbsp; GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CA &nbsp;GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.451 &nbsp;1.507 -0.056 1.60e-02 3.91e&#43;03 1.23e&#43;01</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.522 &nbsp;1.553 -0.030 1.18e-02 7.18e&#43;03 6.53e&#43;00</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.460 &nbsp;1.485 -0.025 1.17e-02 7.31e&#43;03 4.40e&#43;00</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.524 &nbsp;1.498 &nbsp;0.025 1.26e-02 6.30e&#43;03 4.00e&#43;00</div>
<div>&nbsp; bond pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; ideal &nbsp;model &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; 1.526 &nbsp;1.504 &nbsp;0.022 1.28e-02 6.10e&#43;03 2.85e&#43;00</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 54 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of bond angle deviations from ideal:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 107.05 - &nbsp; 110.59: 8</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 110.59 - &nbsp; 114.13: 19</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 114.13 - &nbsp; 117.67: 11</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 117.67 - &nbsp; 121.21: 23</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 121.21 - &nbsp; 124.75: 18</div>
<div>&nbsp; Bond angle restraints: 79</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; N &nbsp; ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;108.90 &nbsp;113.48 &nbsp; -4.58 1.63e&#43;00 3.76e-01 7.90e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;108.02 &nbsp;111.93 &nbsp; -3.91 1.78e&#43;00 3.16e-01 4.84e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;120.33 &nbsp;122.27 &nbsp; -1.94 1.08e&#43;00 8.57e-01 3.23e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;120.38 &nbsp;122.31 &nbsp; -1.93 1.09e&#43;00 8.42e-01 3.13e&#43;00</div>
<div>&nbsp; angle pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;123.00 &nbsp;120.57 &nbsp; &nbsp;2.43 1.38e&#43;00 5.25e-01 3.09e&#43;00</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 74 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of dihedral angle deviations from ideal:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.04 - &nbsp; &nbsp;14.51: 26</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.51 - &nbsp; &nbsp;28.98: 5</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;28.98 - &nbsp; &nbsp;43.45: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;43.45 - &nbsp; &nbsp;57.92: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;57.92 - &nbsp; &nbsp;72.39: 1</div>
<div>&nbsp; Dihedral angle restraints: 34</div>
<div>&nbsp; &nbsp; sinusoidal: 15</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; harmonic: 19</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; dihedral pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 3 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp;harmonic &nbsp; &nbsp; sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;180.00 &nbsp;166.21 &nbsp; 13.79 &nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5.00e&#43;00 4.00e-02 7.60e&#43;00</div>
<div>&nbsp; dihedral pdb=&quot; CB &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CG &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CD &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; OE1 GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta sinusoidal &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00 &nbsp;-72.39 &nbsp; 72.39 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.00e&#43;01 1.11e-03 4.85e&#43;00</div>
<div>&nbsp; dihedral pdb=&quot; CB &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CG &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; CD &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;pdb=&quot; OE1 GLN A &nbsp; 4 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; ideal &nbsp; model &nbsp; delta sinusoidal &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00 &nbsp; 54.08 &nbsp;-54.08 &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.00e&#43;01 1.11e-03 3.50e&#43;00</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 31 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of chiral volume deviations from ideal:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 - &nbsp; &nbsp;0.024: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.024 - &nbsp; &nbsp;0.047: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.047 - &nbsp; &nbsp;0.071: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.071 - &nbsp; &nbsp;0.094: 1</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.094 - &nbsp; &nbsp;0.118: 2</div>
<div>&nbsp; Chirality restraints: 6</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; chirality pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CB &nbsp;GLN A &nbsp; 5 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; both_signs &nbsp;ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; False &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.51 &nbsp; &nbsp;2.39 &nbsp; &nbsp;0.12 2.00e-01 2.50e&#43;01 3.48e-01</div>
<div>&nbsp; chirality pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CB &nbsp;ASN A &nbsp; 6 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; both_signs &nbsp;ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; False &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.51 &nbsp; &nbsp;2.62 &nbsp; -0.11 2.00e-01 2.50e&#43;01 2.86e-01</div>
<div>&nbsp; chirality pdb=&quot; CA &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CB &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; both_signs &nbsp;ideal &nbsp; model &nbsp; delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight residual</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; False &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.51 &nbsp; &nbsp;2.43 &nbsp; &nbsp;0.08 2.00e-01 2.50e&#43;01 1.80e-01</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 3 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Planarity restraints: 13</div>
<div>&nbsp; Sorted by residual:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight rms_deltas residual</div>
<div>&nbsp; plane pdb=&quot; CB &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03 &nbsp; 9.66e-03 1.87e&#43;00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CG &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; &nbsp;0.022 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CD1 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.004 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CD2 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.008 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CE1 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.001 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CE2 TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; &nbsp;0.002 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CZ &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; -0.011 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; OH &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot; &nbsp; &nbsp;0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight rms_deltas residual</div>
<div>&nbsp; plane pdb=&quot; CB &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; &nbsp;0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03 &nbsp; 1.19e-02 1.42e&#43;00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; CG &nbsp;ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; -0.021 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; OD1 ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; &nbsp;0.008 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; ND2 ASN A &nbsp; 2 &quot; &nbsp; &nbsp;0.007 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;delta &nbsp; &nbsp;sigma &nbsp; weight rms_deltas residual</div>
<div>&nbsp; plane pdb=&quot; CA &nbsp;GLN A &nbsp; 4 &quot; &nbsp; &nbsp;0.005 2.00e-02 2.50e&#43;03 &nbsp; 1.09e-02 1.18e&#43;00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; C &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot; &nbsp; -0.019 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLN A &nbsp; 4 &quot; &nbsp; &nbsp;0.007 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; N &nbsp; GLN A &nbsp; 5 &quot; &nbsp; &nbsp;0.006 2.00e-02 2.50e&#43;03</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 10 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Histogram of nonbonded interaction distances:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.53 - &nbsp; &nbsp; 3.00: 50</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.00 - &nbsp; &nbsp; 3.48: 107</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.48 - &nbsp; &nbsp; 3.95: 243</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.95 - &nbsp; &nbsp; 4.42: 255</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.42 - &nbsp; &nbsp; 4.90: 523</div>
<div>&nbsp; Nonbonded interactions: 1178</div>
<div>&nbsp; Sorted by model distance:</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; OH &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;11 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.525 2.440 -x&#43;1,y-1/2,-z&#43;1</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;11 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; OH &nbsp;TYR A &nbsp; 7 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.525 2.440 -x&#43;1,y&#43;1/2,-z&#43;1</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;14 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;13 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.634 2.440 x,y-1,z</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;13 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; HOH &nbsp; &nbsp;14 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw sym.op.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.634 2.440 x,y&#43;1,z</div>
<div>&nbsp; nonbonded pdb=&quot; N &nbsp; GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; pdb=&quot; O &nbsp; GLY A &nbsp; 1 &quot;</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;model &nbsp; vdw</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.665 2.496</div>
<div>&nbsp; ... (remaining 1173 not shown)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; NOTE: a complete listing of the restraints can be obtained by requesting</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; output of .geo file.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>============================== Scattering factors =============================</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ----------X-ray scattering dictionary----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of scattering types: 3</div>
<div>&nbsp; Type Number &nbsp; &nbsp;sf(0) &nbsp; Gaussians</div>
<div>&nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp;21 &nbsp; &nbsp; &nbsp;7.97 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
<div>&nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.97 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
<div>&nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp;33 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5.97 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2</div>
<div>&nbsp; sf(0) = scattering factor at diffraction angle 0.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Number of scatterers: 66</div>
<div>At special positions: 0</div>
<div>Unit cell: (21.937, 4.866, 23.477, 90, 107.08, 90)</div>
<div>Space group: P 1 21 1 (No. 4)</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ----------F(model) initialization----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Twinning will be detected automatically.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;start: r(all,work,free)=0.2072 0.2084 0.1924 n_refl.: 495</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;re-set all scales: r(all,work,free)=0.2072 0.2084 0.1924 n_refl.: 495</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;remove outliers: r(all,work,free)=0.2103 0.2117 0.1924 n_refl.: 493</div>
<div>bulk-solvent and scaling: r(all,work,free)=0.1755 0.1758 0.1728 n_refl.: 493</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;remove outliers: r(all,work,free)=0.1755 0.1758 0.1728 n_refl.: 493</div>
<div>|--(resolution: 1.80 - 22.44 A, n_refl.=493 (all), 4.06 &nbsp;% free)--------------|</div>
<div>| &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>| r_work= 0.1758 r_free= 0.1728 coordinate error (max.-lik. estimate): 0.00 A |</div>
<div>| &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>| normalized target function (ml) (work): 2.637727 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| target function (ml) not normalized (work): 1247.644901 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>| target function (ml) not normalized (free): 60.766973 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>|-----------------------------------------------------------------------------|</div>
<div><br class="">
</div>
<div>End of input processing</div>
<div><br class="">
</div>
<div>======================= ROSETTA/PHENIX X-ray refinement =======================</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Output directory:</div>
<div>&nbsp; /usr/local/rosetta/rosetta-2018.09.60072/test/rosetta_2</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;----------Setting up input files for Rosetta----------</div>
<div><br class="">
</div>
<div>/usr/local/rosetta/rosetta-2018.09.60072/main/source</div>
<div>|-starting model--------------------------------------------------------------|</div>
<div>| target_work(ml) = 2.63773 &nbsp;r_work = 0.1758 &nbsp;r_free = 0.1728 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>|-----------------------------------------------------------------------------|</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; Validation statistics (starting model):</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Ramachandran outliers = &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; favored = 100.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Rotamer outliers &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.00 %</div>
<div>&nbsp; &nbsp; C-beta deviations &nbsp; &nbsp; = &nbsp; &nbsp; 0</div>
<div>&nbsp; &nbsp; Clashscore &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; RMS(bonds) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.0000</div>
<div>&nbsp; &nbsp; RMS(angles) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp; 0.00</div>
<div>&nbsp; &nbsp; MolProbity score &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp; 0.50</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Rosetta command-line arguments:</div>
<div>&nbsp; -parser:protocol /usr/local/rosetta/rosetta-2018.09.60072/main/source/src/apps/public/crystal_refinement/low_resolution_refine.xml</div>
<div>&nbsp; -s 1yjp_rosetta_in.pdb</div>
<div>&nbsp; -mtzfile 1yjp_rosetta_data.mtz</div>
<div>&nbsp; -run:preserve_header</div>
<div>&nbsp; -crystal_refine</div>
<div>&nbsp; -parser:script_vars symmdef=1yjp_rosetta.symm</div>
<div>&nbsp; -parser:script_vars bfactstrat=individual</div>
<div>&nbsp; -parser:script_vars map_type=Auto</div>
<div>&nbsp; -nstruct 1</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Generating 2 models on 2 processors...</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Traceback (most recent call last):</div>
<div>&nbsp; File &quot;/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/build/../modules/phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 307, in &lt;module&gt;</div>
<div>DEBUG dumping error message</div>
<div>ERROR: Rosetta exited with status -9</div>
<div>stderr output:</div>
<div><br class="">
</div>
<div>&nbsp; &nbsp; run(sys.argv[1:], create_dir=True)</div>
<div>&nbsp; File &quot;/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/build/../modules/phenix/phenix/command_line/rosetta_refine.py&quot;, line 191, in run</div>
<div>&nbsp; &nbsp; debug=params.output.debug)</div>
<div>&nbsp; File &quot;/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 313, in __init__</div>
<div>&nbsp; &nbsp; self.run_jobs()</div>
<div>&nbsp; File &quot;/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 396, in run_jobs</div>
<div>&nbsp; &nbsp; check_result(result)</div>
<div>&nbsp; File &quot;/usr/local/phenix/phenix-1.14-3260/modules/phenix/phenix/rosetta/refine.py&quot;, line 382, in check_result</div>
<div>&nbsp; &nbsp; raise RuntimeError(&quot;File '%s' not found.&quot; % result.file_name)</div>
<div>RuntimeError: File 'None' not found.</div>
<div>OSX&gt;</div>
<div><br class="">
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</body>
</html>