<div dir="ltr">Jena<div><br></div><div>UNK is, surprisingly, not a complete unknown. It is a general amino acid used for unknown amino acids. Your model contains a C81 atom which is not in the UNK restraints.</div><div><br></div><div>However, regardless of the existence of UNK or not, you need to provide the refinement with a restraints file whether automatically or user supplied. It is needed for the atom types and non-bonded interactions so it should contain an atom loop and a bond loop.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Dec 18, 2018 at 3:01 PM Kaiser, Jens T. &lt;<a href="mailto:kaiser@caltech.edu">kaiser@caltech.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_-8474023673322612364divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Hi!</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">  I&#39;m trying to do unrestrained refinement of a small molecule in phenix. I have done this many years ago, but it seems whatever I try, phenix.refine now complains about missing nonbonded energy type for all atoms.</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"> The pdb file I supply has the following format (just one line)</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"></p>
<div><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;,monospace"><br>
HETATM   33  C81 UNK     1       3.117  14.425  18.765  1.00  1.45           C  </span><br>
</div>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">  <br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">I tried unchecking all references to geometry restraints in the GUI, setting wc and wu to 0<br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">  I also started from a default .eff file and set all references to restraints to either True of False (depending what they said).</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">  I also tried the line from the phenix.refine documentation:</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><span>phenix.refine ../cif_in/mkt_a.ent ../data/181119/proc/137C3/XDS_17000.HKL strategy=individual_sites wc=0 refinement.input.symmetry_safety_check=warning refinement.input.xray_data.r_free_flags.generate=True</span></p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"> I&#39;m using phenix v 1.14-3260 from an sbgrid environment.</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">  Any pointers welcome.</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Cheers,</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Jens<br>
</p>
<p></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>