<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Jens,<br>
    <br>
    I re-enabled this functionality so that phenix.refine can continue
    if there is an unknown entity found in input model file.<br>
    To run unrestrained refinement you can simply use "wc=0" which sets
    zero weight on geometry restraints (this is unrelated to above).<br>
    <br>
    A next available nightly build should have it:<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi?show_all=1">https://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi?show_all=1</a><br>
    <br>
    Let me know of any issues!<br>
    <br>
    Good luck,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 12/18/18 14:58, Kaiser, Jens T.
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:SN6PR03MB3726815B9D885D980B9F3597D3BD0@SN6PR03MB3726.namprd03.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Hi!</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">� I'm trying to do
          unrestrained refinement of a small molecule in phenix. I have
          done this many years ago, but it seems whatever I try,
          phenix.refine now complains about missing nonbonded energy
          type for all atoms.</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">�The pdb file I supply
          has the following format (just one line)</p>
        <div><span style="font-family: &quot;Courier
            New&quot;,monospace;"><br>
            HETATM�� 33� C81 UNK���� 1������ 3.117� 14.425� 18.765�
            1.00� 1.45���������� C �</span><br>
        </div>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">� <br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">I tried unchecking all
          references to geometry restraints in the GUI, setting wc and
          wu to 0<br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">� I also started from a
          default .eff file and set all references to restraints to
          either True of False (depending what they said).</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">� I also tried the line
          from the phenix.refine documentation:</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span>phenix.refine
            ../cif_in/mkt_a.ent ../data/181119/proc/137C3/XDS_17000.HKL
            strategy=individual_sites wc=0
            refinement.input.symmetry_safety_check=warning
            refinement.input.xray_data.r_free_flags.generate=True</span></p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">�I'm using phenix v
          1.14-3260 from an sbgrid environment.</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">� Any pointers welcome.</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Cheers,</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Jens<br>
        </p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>