<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    This is fixed in recent versions (nightly builds):<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">http://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a><br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 2/22/19 06:11, Edwin Pozharski
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAG_VP0ievRzuAprvnO9LU_J0umL59v9TJf+=MPWFjFhM-87SdQ@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">
        <div dir="ltr">
          <div dir="ltr">Not sure whether anyone would care now that we
            got our marching orders to abandon PDB format and move to
            mmCIF, but the output of phenix.real_space_refine includes a
            number of lines that are not legit PDB records, i.e. this
            section</div>
          <div dir="ltr"><br>
          </div>
          <div dir="ltr">...</div>
          <div dir="ltr">
            <div dir="ltr">REMARK   3</div>
            <div dir="ltr"><br>
            </div>
            <div dir="ltr">GEOMETRY RESTRAINTS LIBRARY: CDL v1.2</div>
            <div dir="ltr">DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.</div>
            <div dir="ltr">  BOND      :  0.004   0.049  74053</div>
            <div dir="ltr">  ANGLE     :  0.747  12.299 100513</div>
            <div dir="ltr">  CHIRALITY :  0.052   0.232  11312</div>
            <div dir="ltr">  PLANARITY :  0.006   0.069  13125</div>
            <div dir="ltr">  DIHEDRAL  : 11.589 179.958  44947</div>
            <div dir="ltr">  MIN NONBONDED DISTANCE : 2.276 </div>
            <div dir="ltr"><br>
            </div>
            <div dir="ltr">MOLPROBITY STATISTICS.</div>
            <div dir="ltr">  ALL-ATOM CLASHSCORE : 5.04</div>
            <div dir="ltr">  RAMACHANDRAN PLOT:</div>
            <div dir="ltr">    OUTLIERS : 0.30  %</div>
            <div dir="ltr">    ALLOWED  : 8.63  %</div>
            <div dir="ltr">    FAVORED  : 91.06 %</div>
            <div dir="ltr">  ROTAMER OUTLIERS : 8.76 %</div>
            <div dir="ltr">  CBETA DEVIATIONS : 0</div>
            <div dir="ltr">  PEPTIDE PLANE:</div>
            <div dir="ltr">    CIS-PROLINE     : 3.7037037037</div>
            <div dir="ltr">    CIS-GENERAL     : 0.0</div>
            <div dir="ltr">    TWISTED PROLINE : 1.85185185185</div>
            <div dir="ltr">    TWISTED GENERAL : 0.316455696203</div>
            <div dir="ltr">REMARK   3</div>
            <div>...</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>This does result in errors when this output PDB file is
              used as input to other software that is more stringent
              with format compliance.  </div>
            <div><br>
            </div>
            <div>Cheers,</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>Ed.</div>
          </div>
          <div dir="ltr"><br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>