<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Not sure whether anyone would care now that we got our marching orders to abandon PDB format and move to mmCIF, but the output of phenix.real_space_refine includes a number of lines that are not legit PDB records, i.e. this section</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">...</div><div dir="ltr"><div dir="ltr">REMARK   3</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">GEOMETRY RESTRAINTS LIBRARY: CDL v1.2</div><div dir="ltr">DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES.</div><div dir="ltr">  BOND      :  0.004   0.049  74053</div><div dir="ltr">  ANGLE     :  0.747  12.299 100513</div><div dir="ltr">  CHIRALITY :  0.052   0.232  11312</div><div dir="ltr">  PLANARITY :  0.006   0.069  13125</div><div dir="ltr">  DIHEDRAL  : 11.589 179.958  44947</div><div dir="ltr">  MIN NONBONDED DISTANCE : 2.276 </div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">MOLPROBITY STATISTICS.</div><div dir="ltr">  ALL-ATOM CLASHSCORE : 5.04</div><div dir="ltr">  RAMACHANDRAN PLOT:</div><div dir="ltr">    OUTLIERS : 0.30  %</div><div dir="ltr">    ALLOWED  : 8.63  %</div><div dir="ltr">    FAVORED  : 91.06 %</div><div dir="ltr">  ROTAMER OUTLIERS : 8.76 %</div><div dir="ltr">  CBETA DEVIATIONS : 0</div><div dir="ltr">  PEPTIDE PLANE:</div><div dir="ltr">    CIS-PROLINE     : 3.7037037037</div><div dir="ltr">    CIS-GENERAL     : 0.0</div><div dir="ltr">    TWISTED PROLINE : 1.85185185185</div><div dir="ltr">    TWISTED GENERAL : 0.316455696203</div><div dir="ltr">REMARK   3</div><div>...</div><div><br></div><div>This does result in errors when this output PDB file is used as input to other software that is more stringent with format compliance.  </div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Ed.</div></div><div dir="ltr"><br></div></div></div>