<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>  In the past (phenix 1.13) I have been able to execute molprobity with the command line:</div><div><br></div><div>==============</div><div>phenix.python /usr/local/phenix-1.14-3260/modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/molprobity.py /home/roberto/sda/ScipionUserData/projects/TestMolprobityValidation2/Runs/000170_PhenixProtRunMolprobity/extra/5ni1.cif map_file_name=/home/roberto/sda/ScipionUserData/projects/TestMolprobityValidation2/Runs/000170_PhenixProtRunMolprobity/extra/molprobity.mrc d_min=2.200000 pickle=True pdb_interpretation.clash_guard.nonbonded_distance_threshold=None   nproc=4 pdb_interpretation.clash_guard.nonbonded_distance_threshold=None<br></div><div>==================</div><div><br></div><div>Unfortunately, for version 1.14 I get the error:</div><div><br></div><div>==========================</div><div><div> Traceback (most recent call last):</div><div> File &quot;/usr/local/phenix-1.14-3260/modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/molprobity.py&quot;, line 310, in &lt;module&gt;</div><div>    run(sys.argv[1:])</div><div>    File &quot;/usr/local/phenix-1.14-3260/modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/molprobity.py&quot;, line 193, in run</div><div>      map_params=params)</div><div>     File &quot;/usr/local/phenix-1.14-3260/modules/cctbx_project/mmtbx/validation/molprobity/__init__.py&quot;, line 216, in __init__</div><div>      molprobity_map_params=map_params.input.maps)</div><div>    File &quot;/usr/local/phenix-1.14-3260/modules/cctbx_project/mmtbx/validation/experimental.py&quot;, line 198, in __init__</div><div>     from mmtbx.command_line.map_model_cc import get_fsc</div><div>   ImportError: No module named map_model_cc</div></div><div>==============</div><div><br></div><div>That is, there is an error in the line</div><div><br></div><div>     &quot;from mmtbx.command_line.map_model_cc import get_fsc&quot;</div><div><br></div><div>By the way, if I just run the command:</div><div><br></div><div><div>==============</div><div>phenix.python /usr/local/phenix-1.14-3260/modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/molprobity.py /home/roberto/sda/ScipionUserData/projects/TestMolprobityValidation2/Runs/000170_PhenixProtRunMolprobity/extra/5ni1.cif <br></div><div>==================</div><div><br></div><div>the program is executed without any problem.</div><div><br></div><div>What should I do in order to execute  molprobity.py with the option  map_file_name.</div><div><br></div><div>  best wishes</div><div><br></div><div>              Roberto</div><div><br></div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div></div></div></div></div></div>