<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Jordan,<br>
    <br>
    Phenix implementation of Fo-Fo map calculation requires the data
    sets are isomorphous within some tolerance (which isn't large, I
    don't think 6A will be tolerated!). Yes, there is quite involved and
    careful scaling happening as part of this procedure, which is
    important.<br>
    <br>
    If you are subtracting real-space maps then you are on your own to
    do scaling. I'm guessing in real space scaling can be done more
    efficiently by doing it locally.<br>
    <br>
    I'm curious to know how your or Tim's suggestions worked out in the
    end. <br>
    <br>
    Good luck!<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 3/9/19 01:21, Jordan Luke Pederick
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:ME1PR01MB1059A4208E92C6E8958E92F9AA4E0@ME1PR01MB1059.ausprd01.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt;
        color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica,
        sans-serif, EmojiFont, &quot;Apple Color Emoji&quot;,
        &quot;Segoe UI Emoji&quot;, NotoColorEmoji, &quot;Segoe UI
        Symbol&quot;, &quot;Android Emoji&quot;, EmojiSymbols;">
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Hi,</p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">I am trying to generate
          a Fo-Fo difference map for two data sets of the same
          protein at ~2.3 angstrom resolution. One dataset is native and
          the other was soaked with a metal ion, so the purpose of the
          map is for identifying and visualizing peaks that may
          correspond to a bound metal ion. </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">These datasets differ
          by 6 angstroms (~10%) along the A edge - an isomorphous
          difference map generated in Phenix GUI wasn't useful</p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">As an alternative I was
          planning to make a real-space Fo-Fo difference map making use
          of Superpose Maps in Phenix Gui as follows:</p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Superpose maps would be
          used to superimpose (Fobs.metal, PHI.metal) and (Fobs.native,
          PHI.native)</p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">The superimposed maps
          will be opened in Coot and a difference map generated using
          "Extensions -&gt; Maps -&gt;  Make a difference map"</p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">There were two things I
          was unsure about:</p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Does this seem like a
          reasonable alternative? </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Is scaling of the two
          datasets required before generating the difference map?</p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Cheers, </p>
        <p style="margin-top:0; margin-bottom:0">Jordan</p>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>