<div dir="ltr">I forgot to mention that there is a YouTube tutorial on LigandFit.<div><br></div><div><a href="https://www.youtube.com/watch?v=hLr4owC1pTA">https://www.youtube.com/watch?v=hLr4owC1pTA</a></div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Apr 4, 2019 at 7:59 AM Nigel Moriarty &lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Your problems arise from not having the same atom names in the model and the restraints. I suggest you use the PDB and/or restraints I sent and fit it into the model. This can be done several ways but Phenix has the LigandFit program for just such a task. Once you fit the taxol from the PDB and/or restraints (you can supply both to LigandFit and the restraints are the best choice) you will not see the same problem.<div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail-m_1774485284430217722gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Apr 3, 2019 at 10:44 PM Ahmad Khalifa &lt;<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thanks a lot Nigel. I can generate the restraint file using chemical component TA1 and SDF file. However, after doing some testing, the input ligand should have the same coordinates as in my PDB, otherwise real space refienemnt complains by saying &quot;unknown nonbonded energy type symbols&quot;, which I&#39;m guessing doesn&#39;t match the restraint file to my ligand. <div><br></div><div>I tried running elbow on the REattached pdb, I couldn&#39;t generate the restraint file (Error: Sorry: Unable to determine the bonding):</div><div><br></div><div><div>[labusr@luxor bin]$ phenix.elbow taxol.pdb </div><div> ------------------------------------------------------------------------------</div><div>  electronic Ligand Builder &amp; Optimisation Workbench (eLBOW) 1.14-3260 None</div><div>    - Nigel W. Moriarty (NWMoriarty@LBL.Gov)</div><div> ------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div> Random number seed:  3628800</div><div> Initial processing time : 0.00 seconds</div><div> 0:00 Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing P</div><div><br></div><div>Input format is PDB</div><div><br></div><div>MoleculeClass :  C:43  N: 1  O:14 (PDB format)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>58 atoms</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>63 bonds</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>0 angles</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>0 dihedrals</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>0 rings</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>0 chirals</div><div> Predicted memory usage by semi-empirical method : 78Mb</div><div> Timing estimates</div><div>     Python portion         / ATP : 275%</div><div>     c++ optimisation cycle / ATP : 817%</div><div> 0:00 Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise B</div><div><br></div><div>    Failed to determine the bonding of a fragment of the molecule.</div><div><br></div><div>    PDB file elbow.taxol_pdb.001.pdb written.</div><div>    Bonding file <a href="http://elbow.taxol_pdb.001.bonding.py" target="_blank">elbow.taxol_pdb.001.bonding.py</a> written.</div><div><br></div><div>    Edit bonding file to reflect the desired bond.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>    ALTERNATIVELY</div><div><br></div><div>    Re-run eLBOW with the --reel option and the molecule wil be loaded</div><div>    into REEL.  Edit the bonds and save the results as &quot;fixed.cif&quot; to</div><div>    allow eLBOW to load the bonding.</div><div><br></div><div>    You can also use a pull-down menu to push to eLBOW.</div><div><br></div><div>Sorry: Unable to determine the bonding</div><div> </div></div><div>I tried to superimpose the SDF to my structure but I think there are some differences in the structure, and number of atoms so the superimposition didn&#39;t work. i would appreciate if soemone can help me generate restraint of the attached PDB. </div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 1, 2019 at 12:35 PM Nigel Moriarty &lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Ahmed<div><br></div><div>Taxol is quite tricky so using the chemical components option is a choice that provides more information than the SMILES.</div><div><br></div><div>phenix.elbow --chemical_components=TA1</div><div><br></div><div>I have attached the files.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail-m_1774485284430217722gmail-m_8112095608766348163gmail-m_3574114503733833779m_6799418734004466864gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Mar 31, 2019 at 2:12 AM &lt;<a href="mailto:r.joosten@nki.nl" target="_blank">r.joosten@nki.nl</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Before you make restraints yourself, check whether it is already in the dictionary. The name should be TA1 (<a href="http://ligand-expo.rcsb.org/reports/T/TA1/index.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://ligand-expo.rcsb.org/reports/T/TA1/index.html</a>).<br>
<br>
Cheers,<br>
Robbie<br>
<br>
On 31 Mar 2019 10:45, Georg Mlynek &lt;<a href="mailto:georg.mlynek@univie.ac.at" target="_blank">georg.mlynek@univie.ac.at</a>&gt; wrote:<br>
<br>
Dear Ahmad, one way is to use the smiles string. If taxol if also named Paclitaxel then here it is:<br>
<br>
<a href="https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/paclitaxel#section=Canonical-SMILES" rel="noreferrer" target="_blank">https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/paclitaxel#section=Canonical-SMILES</a><br>
<br>
Then just watch this video on phenix.elbow<br>
<br>
<a href="https://www.youtube.com/watch?v=8qVYTUVKlbQ" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.youtube.com/watch?v=8qVYTUVKlbQ</a><br>
<br>
Br, Georg.<br>
<br>
<br>
On 31.03.19 08:08, Ahmad Khalifa wrote:<br>
How can I generate restraint files for taxol?<br>
<br>
I attached my taxol.pdb for reference.<br>
<br>
Thanks.<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>&lt;mailto:<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>&gt;<br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a>&lt;mailto:<a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a>&gt;<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>