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<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p>Hello Joseph,&nbsp;</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Sorry for late reply, your email was not in my inbox.</p>
<p><br>
</p>
<p></p>
<p style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, &quot;Apple Color Emoji&quot;, &quot;Segoe UI Emoji&quot;, NotoColorEmoji, &quot;Segoe UI Symbol&quot;, &quot;Android Emoji&quot;, EmojiSymbols; font-size: 16px;">
I just changed my setting so that email&nbsp;to&nbsp;phenixbb@phenix-online.org will come to my inbox directly.</p>
<div><br>
</div>
<br>
<p></p>
<p><br>
</p>
<p>Thank you for sharing your input file.&nbsp;I just&nbsp;ran your input pdb file, it appears that &quot;<span style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, &quot;Apple Color Emoji&quot;, &quot;Segoe UI Emoji&quot;, NotoColorEmoji, &quot;Segoe UI Symbol&quot;, &quot;Android Emoji&quot;, EmojiSymbols; font-size: 16px;">SO4,
 &quot;CD&quot; are not in amber03 forcefield.</span></p>
<p><span style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, Helvetica, EmojiFont, &quot;Apple Color Emoji&quot;, &quot;Segoe UI Emoji&quot;, NotoColorEmoji, &quot;Segoe UI Symbol&quot;, &quot;Android Emoji&quot;, EmojiSymbols; font-size: 16px;"><br>
</span></p>
<p><br>
</p>
<p><span>I just added my comments like this</span></p>
<p><span><br>
</span></p>
<blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;">
<p><span></p>
<div><span style="font-size: 9pt;"><b>Solution if these residue/atoms are important:</b> Fix wrong names of atoms/residues. Running real_space_refine via phenix GUI will show which atoms need to be removed/fixed</span></div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><br>
</div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><span style="font-size: 9pt;">If gromacs amber03 force field doesn't have parameters for these residue/atoms, you may need to add parameters.</span></div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><br>
</div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><span style="font-size: 9pt;">It is rather a&nbsp;sad fact that most MD simulation force fields</span><span style="font-size: 9pt;">&nbsp;do not support all kinds of rare residue/atoms.</span></div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><br>
</div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><span style="font-size: 9pt;">cryo_fit2 is under development to address this issue using phenix.eLBOW</span></div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><span style="font-size: 9pt;">&nbsp; &nbsp;&nbsp;</span></div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><span style="font-size: 9pt;"><b>Solution if these residue/atoms are not important:&nbsp;</b></span></div>
</span>
<p></p>
<p><span></p>
<div><span style="font-size: 9pt;">Remove</span><span style="font-size: 9pt;">&nbsp;these \&quot;wrong\&quot; atoms/residues from user's input pdb file. Run</span><span style="font-size: 9pt;">&nbsp;cryo_fit again</span></div>
<div><span style="font-size: 9pt;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 9pt;">
<div><b>Solution if your user's pdb file is big:&nbsp;</b></div>
<div><span style="font-size: 9pt;">Probably cryo_fit will change conformation just minimally, I would extract out these \&quot;wrong\&quot; atoms/residues from user's input pdb file, then add these extracted lines to cryo_fitted file</span></div>
<br>
</span></div>
</span>
<p></p>
</blockquote>
<p><span></p>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div><span style="font-size: 12pt;"></span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">If you&nbsp;do</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">git pull</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">at your &lt;phenix&gt;/modules/cryo_fit&nbsp;</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">and run again, you will see results at least to the&nbsp;final stage (that I can't run because of lack of map).</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;"><br>
</span></div>
<div>best regards,</div>
<div>Doonam</div>
<div><span style="font-size: 12pt;"><br>
</span></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<br>
</span>
<p></p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Finney, Joseph (NIH/NCI) [C] &lt;joseph.finney@nih.gov&gt;<br>
<b>Sent:</b> Monday, April 8, 2019 9:09:23 AM<br>
<b>To:</b> Kim, Doo Nam<br>
<b>Cc:</b> bugs-from-web@phenix-online.org; phenixbb@phenix-online.org; Esser, Lothar (NCI)<br>
<b>Subject:</b> CryoFit run failure</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hey Doonam,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">As I said before I figured I would have some additional questions. The new version of phenix (1.15-3459-000) fixed my issues last week with the tutorial dataset. However, I am having trouble with our own testing dataset. As before we are
 testing in GUI version first. I am using the same run conditions for both the tutorial set and out testing set.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am attaching the log of the tutorial set as well as the log of our testing set and the test PDB. The density map is too large for email.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">The major error I see is “</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:windowtext">Step 1 didn't run successfully” from the ferrtest run. Looking at
 the tutorial PDB, it seems as though the header, the terminations, and the nonstandard atoms have been removed prior to use. I tried this and got a different error: “pdb file cleaning is not done, exit now”<o:p></o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:windowtext"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:windowtext">Do you have any recommendations on how to succeed?<o:p></o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:windowtext"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">Thanks in advance!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">Joseph Finney [Contractor]</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Software Developer<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">National Cryo-EM Facility</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Cancer Research Technology Program</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Frederick National Laboratory for Cancer Research</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Leidos Biomedical Research Inc.</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">PO Box B Frederick, MD 21702</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Tel: (301) 228-4313</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Cell: (615) 512-2053</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><a href="mailto:Joseph.finney@nih.gov"><span style="color:#954F72">Joseph.finney@nih.gov</span></a></span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">&nbsp;</span><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:windowtext"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:windowtext"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
</div>
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