<div dir="ltr">Dear all, <br><div><br></div><div>I would like to add a GTP residue to a nucleic acid chain. For so I followed the following steps in coot: add monomer from library, GTP, changed chain ID and residue number accordingly, and then Extensions --&gt; Modelling --&gt; link 2 atoms. I got a dashed line between the 3&#39;O of the GTP and the phosphate of the neighboring nucleotide, and then I used the real space refine tool. Up to here, it all looked promising.</div><div><br></div><div>In phenix refine I run elbow and readyset and provided cif files, but after phenix.refine I find out that the link between GTP and it&#39;s neighbor is gone.<br><br>How to preserve the bond?</div><div><br></div><div>Thank you very much in advance!! </div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Almudena</div></div>