<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Sorry, In the previous email I sent a wrong link for the pdb file. The rigth one is: </div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><a href="https://drive.google.com/open?id=0B_i_LJfUN1z7dEF6MHhzNEJvUEo2eUJCZmNRYUpfVFFLZy1j">https://drive.google.com/open?id=0B_i_LJfUN1z7dEF6MHhzNEJvUEo2eUJCZmNRYUpfVFFLZy1j</a></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Apr 26, 2019 at 10:51 AM Roberto Marabini &lt;<a href="mailto:roberto@cnb.csic.es">roberto@cnb.csic.es</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi guys,</div><div><br></div><div>   We are using phenix version 1.15.2-3472. We have executed molprobity using the command line:</div><div><br></div><div>phenix.python_1.15.2-3472   <br>
/usr/local/phenix-1.15.2-3472/modules/cctbx_project/mmtbx/command_line/molprobity.py &quot;path_to_pdb&quot;/refmac-refined.pdb pickle=True  <br>
nproc=4</div><div><br></div><div>We have also executed validation_cryoem (here we have used both the GUI and the command line and both interfaces return the same result)<br></div><div><br></div><div>phenix.python_1.15.2-3472  <br>
./phenix/phenix/command_line/validation_cryoem.py  <br>
&quot;path_to_pdb&quot;/refmac-refined.pdb &quot;path_to_map&quot;/molprobity.mrc  <br>
resolution=3.2 pickle=True</div><div><br></div><div>What we do not fully understand is why the two commands return different  results for molprobity. Are the default parameters different? <br></div><div><br></div><div>For example, validation_cryoem reports as number of outliers &quot;34&quot; in the molprobity tab (model.geometry.angle.outliers) while molprobity reports 21<br></div><div><br></div><div>The test files are available at:</div><div><br></div><div>3Dmap: <a href="https://drive.google.com/open?id=0B_i_LJfUN1z7amoyM1B2N1U0Y2VYODB6LWdLY1pwai04RWxz" target="_blank">https://drive.google.com/open?id=0B_i_LJfUN1z7amoyM1B2N1U0Y2VYODB6LWdLY1pwai04RWxz</a><br></div><div>pdb file: <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5093775/" target="_blank">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5093775/</a></div><div><br></div><div>    Thanks for the help<br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>