<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Hello all,</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
</p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0">We have collected electron diffraction data to approximately 1.8&nbsp;<span> on a 'small molecule' of roughly 1660 Da.&nbsp; The space group (P 43 21 2) and unit cell parameters determined during data reduction match the known,
 published values, and our data are roughly 80% complete in all resolution shells from 17 - 1.8
<span></span>. &nbsp;We would like to solve this structure by molecular replacement in Phaser, but are having a bit of difficulty doing so.</span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span><br>
</span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span>Our problems all seem to be related to specifying the composition of the target molecule for Phaser. &nbsp;Via the phenix GUI, we can only specify the target composition as either protein or nucleic acid, when in fact
 the target is neither.&nbsp; The chemical composition of the target is C72 H85 N19 O18 S5.&nbsp; Is there a way to feed this chemical composition to Phaser and to get it to understand that the target is neither protein nor nucleic acid?&nbsp; Furthermore, according to our
 reading of the Phaser documentation, specifying &quot;protein&quot; leads to an assumed solvent content of 50%, which is likely to be a substantial overestimation for this small molecule crystal.&nbsp; We have also run into the problem of Phaser complaining that the target
 molecule will not fit into the given unit cell, which we think is due to the assumption of&nbsp;50% solvent content.
<br>
</span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span><br>
</span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span>We would be thankful for whatever advice you may have on using Phaser with non-protein, non-nucleic acid molecules.<br>
</span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span><br>
</span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><span>Matthew<br>
</span></p>
<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
<span></span></p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,Helvetica,sans-serif,&quot;EmojiFont&quot;,&quot;Apple Color Emoji&quot;,&quot;Segoe UI Emoji&quot;,NotoColorEmoji,&quot;Segoe UI Symbol&quot;,&quot;Android Emoji&quot;,EmojiSymbols;">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
---
<div>Matthew J. Whitley, Ph.D.</div>
<div>Research Instructor</div>
<div>W. Furey Lab</div>
<div>Department of Pharmacology &amp; Chemical Biology</div>
<div>University of Pittsburgh School of Medicine</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>