<div dir="ltr"><div dir="ltr">I&#39;m not sure why I&#39;m getting this error.  I generated restraint files for GDP with no problems. I noticed that if I change the coordinates of my files, I have to regenerate a new restraint files to match the new coordinates. This time I&#39;m getting this error that I couldn&#39;t troubleshoot: <div><br></div><div>Please find attached my gdp.pdb.</div><div><br></div><div><br></div><div><div>---------</div><div>[&#39;/storage/IJ/.phenix/project_data/elbow_88.eff&#39;]</div><div>---------</div><div>&lt;function run at 0x7fbd2b4bb938&gt;</div><div> Working parameter </div><div>elbow {</div><div>  input {</div><div>    chemical_file_name = None</div><div>    chemical_file_name_type = *auto pickle</div><div>    chemical_string = None</div><div>    chemical_string_type = *smiles sequence</div><div>    geometry_file_name = /storage/00_Marina_Ahmad/Tubulin/real_space_refinement/GDP.pdb</div><div>    geometry_file_name_usage = *topology initial orientation final assist</div><div>    template_file_name = None</div><div>    chemical_components_code = None</div><div>    residue = None</div><div>    read_only = False</div><div>    do_all = False</div><div>    optimisation_choice = None *auto am1 mogul ampac gamess gaussian jaguar \</div><div>                          mopac nwchem orca qchem</div><div>  }</div><div>  defaults {</div><div>    id = &quot;&quot;&quot;GDP&quot;&quot;&quot;</div><div>    name = None</div><div>    pH = low *neutral high</div><div>    random_seed = None</div><div>    add_hydrogens = None</div><div>    write_hydrogens = True</div><div>    write_redundant_dihedrals = False</div><div>    multiple_planes = False</div><div>    auto_bond_cutoff = 1.95</div><div>    pdb_attributes {</div><div>      resseq = 1</div><div>      icode = None</div><div>      chain_id = A</div><div>    }</div><div>  }</div><div>  optimisation {</div><div>    steps = None</div><div>    tolerence = loose *default tight</div><div>    memory = 1000Mb</div><div>    energy_validation = None</div><div>    third_party_apps {</div><div>      nprocs = 1</div><div>      method = *uhf mp2 b3lyp</div><div>      basis = *am1 sto-3g 3-21g 6-31g 6-31g(d) 6-31g(d,p)</div><div>      aux_basis = None</div><div>    }</div><div>  }</div><div>  view {</div><div>    view_results = *None reel molden pymol</div><div>  }</div><div>  output {</div><div>    no_output = False</div><div>    output = None</div><div>    output_dir = /storage/00_Marina_Ahmad/Tubulin/real_space_refinement/</div><div>    pass_through_input_restraints = None</div><div>    pass_through_library_restraints = None</div><div>    output_file_formats = *pdb *cif pdb_ligand tripos sdf data_sheet png xyz \</div><div>                          maestro</div><div>    data_header_file = &quot;&quot;</div><div>    job_title = &quot;&quot;&quot;GDP&quot;&quot;&quot;</div><div>    overwrite = False</div><div>    console_output = *default quiet silent</div><div>    chiral = *retain both enumerate</div><div>    pucker = *random enumerate define</div><div>    pucker_definition = &quot;&quot;</div><div>    cis_trans = *retain enumerate</div><div>    png = False</div><div>  }</div><div>  special {</div><div>    regno = None</div><div>    secondary_smiles = None</div><div>    amgen_id = None</div><div>  }</div><div>  non_user_parameters {</div><div>    opt_type = simple</div><div>    input_type = pdb_rich</div><div>    use_template = False</div><div>  }</div><div>}</div><div> ------------------------------------------------------------------------------</div><div>  electronic Ligand Builder &amp; Optimisation Workbench (eLBOW) 1.14-3260 None</div><div>    - Nigel W. Moriarty (NWMoriarty@LBL.Gov)</div><div> ------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre">        </span>Option opt_type not available</div><div><br></div><div><br></div><div><span style="white-space:pre">        </span>Option input_type not available</div><div><br></div><div><br></div><div><span style="white-space:pre">        </span>Option job_title not available</div><div><br></div><div><br></div><div><span style="white-space:pre">        </span>Option use_template not available</div><div><br></div><div><br></div><div> Random number seed:  3628800</div><div> Initial processing time : 0.00 seconds</div><div> 0:00 Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing Parsing P</div><div><br></div><div>Input format is PDB</div><div><br></div><div>MoleculeClass :  C:10  N: 5  O:11  P: 2 (PDB format)</div><div><span style="white-space:pre">        </span>28 atoms</div><div><span style="white-space:pre">        </span>30 bonds</div><div><span style="white-space:pre">        </span>0 angles</div><div><span style="white-space:pre">        </span>0 dihedrals</div><div><span style="white-space:pre">        </span>0 rings</div><div><span style="white-space:pre">        </span>0 chirals</div><div> Predicted memory usage by semi-empirical method : 45Mb</div><div> Timing estimates</div><div>     Python portion         / ATP : 86%</div><div>     c++ optimisation cycle / ATP : 76%</div><div> 0:00 Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise Bondise B</div><div><br></div><div>    Failed to determine the bonding of a fragment of the molecule.</div><div><br></div><div>    PDB file elbow.GDP.GDP_pdb.001.pdb written.</div><div>    Bonding file <a href="http://elbow.GDP.GDP_pdb.001.bonding.py">elbow.GDP.GDP_pdb.001.bonding.py</a> written.</div><div><br></div><div>    Edit bonding file to reflect the desired bond.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>    ALTERNATIVELY</div><div><br></div><div>    Re-run eLBOW with the --reel option and the molecule wil be loaded</div><div>    into REEL.  Edit the bonds and save the results as &quot;fixed.cif&quot; to</div><div>    allow eLBOW to load the bonding.</div><div><br></div><div>    You can also use a pull-down menu to push to eLBOW.</div><div><br></div></div><div><br></div></div></div>