<html><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Dear Diana,<br>Most likely because of Sheldrick's rule. 1.7 A is a little beyond direct methods, despite the improvements with SHELXT.<br>Best,<br>Tim<br><br><div class="gmail_quote">On May 2, 2019 12:07:00 AM GMT+02:00, Diana Tomchick &lt;Diana.Tomchick@utsouthwestern.edu&gt; wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

Why aren’t you using SHELX?
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Diana</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
**************************************************<br class="">
Diana R. Tomchick<br class="">
Professor<br class="">
Departments of Biophysics and&nbsp;Biochemistry<br class="">
UT Southwestern&nbsp;Medical Center<br class="">
5323 Harry Hines Blvd.<br class="">
Rm. ND10.214A<br class="">
Dallas, TX 75390-8816<br class="">
<a href="mailto:Diana.Tomchick@UTSouthwestern.edu" class="">Diana.Tomchick@UTSouthwestern.edu</a><br class="">
(214) 645-6383 (phone)<br class="">
(214) 645-6353 (fax)</div>
</div>
<div style=""><br class="">
<div class="">On May 1, 2019, at 3:22 PM, Whitley, Matthew J &lt;<a href="mailto:mjw100@pitt.edu" class="">mjw100@pitt.edu</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif;" class="">
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Hello all,</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class="">
</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">We have collected electron diffraction data to approximately 1.8&nbsp;<span class="">Å on a 'small molecule' of roughly 1660 Da.&nbsp; The space group (P 43 21 2) and unit cell parameters determined during data
 reduction match the known, published values, and our data are roughly 80% complete in all resolution shells from 17 - 1.8<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span class="">Å</span>. &nbsp;We would like to solve this structure by molecular replacement in
 Phaser, but are having a bit of difficulty doing so.</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span class="">Our problems all seem to be related to specifying the composition of the target molecule for Phaser. &nbsp;Via the phenix GUI, we can only specify the target composition as either protein
 or nucleic acid, when in fact the target is neither.&nbsp; The chemical composition of the target is C72 H85 N19 O18 S5.&nbsp; Is there a way to feed this chemical composition to Phaser and to get it to understand that the target is neither protein nor nucleic acid?&nbsp;
 Furthermore, according to our reading of the Phaser documentation, specifying "protein" leads to an assumed solvent content of 50%, which is likely to be a substantial overestimation for this small molecule crystal.&nbsp; We have also run into the problem of Phaser
 complaining that the target molecule will not fit into the given unit cell, which we think is due to the assumption of&nbsp;50% solvent content.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span class="">We would be thankful for whatever advice you may have on using Phaser with non-protein, non-nucleic acid molecules.<br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span class=""><br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><span class="">Matthew<br class="">
</span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class="">
<span class=""></span></div>
<div id="Signature" class="">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, &quot;Apple Color Emoji&quot;, &quot;Segoe UI Emoji&quot;, NotoColorEmoji, &quot;Segoe UI Symbol&quot;, &quot;Android Emoji&quot;, EmojiSymbols;" class="">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; margin: 0px;" class="">
---
<div class="">Matthew J. Whitley, Ph.D.</div>
<div class="">Research Instructor</div>
<div class="">W. Furey Lab</div>
<div class="">Department of Pharmacology &amp; Chemical Biology</div>
<div class="">University of Pittsburgh School of Medicine</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">phenixbb
 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" style="font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">phenixbb@phenix-online.org</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" style="font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; float: none; display: inline !important;" class="">Unsubscribe:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" style="font-family: WarnockPro-Capt; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></div>
</div>
<br class="">
</div>
<br>
<hr>
<table border="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td><!-- Copyright 2015. UT Southwestern Medical Center 12082014v1 -->
<p align="right" style="text-align:right"><span style="font-size:17pt;letter-spacing:-3px;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#0054A0;font-weight:bolder;">UT</span><span style="font-size:17pt;letter-spacing:-0px;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#0054A0;font-weight:bolder;">
 Southwestern</span> </p>
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<p align="right" style="text-align:right"><span style="font-size:13pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#666D70;">Medical Center</span></p>
</td>
</tr>
<tr>
<td></td>
</tr>
<tr>
<td>
<p style="text-align:right"><span style="font-size:10pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color:#666D70;">The future of medicine, today.</span></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>


</blockquote></div><br>-- <br>Sent from my Android device with K-9 Mail. Please excuse my brevity.</body></html>