<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Erron,<div><br></div><div>You can try the following:</div><div>- put hydrogens on you model;</div><div>- inspect particular clashes and rebuild model where necessary;</div><div>- set nonbonded_weight parameter to a bigger value (default is 100).</div><div><br></div><div>&quot;clash_guard&quot; is to prevent models with terrible clashes from getting into refinement.</div><div><br></div><div>Best regads,</div><div>Oleg Sobolev. </div>





</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, May 17, 2019 at 11:01 AM Titus, Erron &lt;<a href="mailto:Erron.Titus@ucsf.edu">Erron.Titus@ucsf.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hello,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
In order to improve model geometry of my x-ray structure, I am using real-space refinement together with reciprocal space refinement in phenix.refine.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">I like this, because it works very well to fix a lot of geometry issues. But clashes are a problem. Clashes tend to keep coming back.</span><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt"><br>
</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255);display:inline">I found a clunky way to selectively use reference restraints to prevent most of the clashes from coming back, but I am wondering
 if there is another way of addressing this. I don&#39;t want to up-weight geometry globally, because 1) there are major regions of the x-ray map that are quite good, and 2) I don&#39;t have problems with other geometry, just clashes.</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><br>
</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255);display:inline">I couldn&#39;t find much documentation on the &quot;clash_guard&quot; keyword... </span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Erron</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>