<div dir="ltr">Dear Members,<div><div>I like to regularize the geometry of selected residues&#39; side chains using phenix.pdbtools? I couldn&#39;t find the syntax. I used the following command line syntax, but didn&#39;t work. Can someone help correcting this command?</div><div><br></div><div>phenix.pdbtools myprotein.pdb geometry-regularization=true selection=&quot;((chain A and ((resseq 236:237 not backbone) or (resseq 240:241 not backbone) or (resseq 244 not backbone) or (resseq 254 not backbone) or (resseq 258 not backbone) or (resseq 261:262 not backbone) or (resseq 412:413 not backbone) or (resseq 416:417 not backbone) or (resseq 419 not backbone))) or (chain X and ((resseq 104 not backbone) or (resseq 107:108 not backbone) or (resseq 111 not backbone) or (resseq 113 not backbone))))<br></div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Raja</div></div></div>