<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Raja,<br>
    <br>
    phenix.geometry_minimization model.pdb selection='chain A and resseq
    1:123'<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 7/18/19 09:37, Raja Dey wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAJb73_rvevz0NWRLDD4oUgGncXNTNdaV3n85PbAqP-keO6NWPg@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">Dear Members,
        <div>
          <div>I like to regularize the geometry of selected residues'
            side chains using phenix.pdbtools? I couldn't find the
            syntax. I used the following command line syntax, but didn't
            work. Can someone help correcting this command?</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>phenix.pdbtools myprotein.pdb
            geometry-regularization=true selection="((chain A and
            ((resseq 236:237 not backbone) or (resseq 240:241 not
            backbone) or (resseq 244 not backbone) or (resseq 254 not
            backbone) or (resseq 258 not backbone) or (resseq 261:262
            not backbone) or (resseq 412:413 not backbone) or (resseq
            416:417 not backbone) or (resseq 419 not backbone))) or
            (chain X and ((resseq 104 not backbone) or (resseq 107:108
            not backbone) or (resseq 111 not backbone) or (resseq 113
            not backbone))))<br>
          </div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Best regards,</div>
          <div>Raja</div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>