<div dir="ltr"><div>Hi Nicholas,</div><div><br></div><div>I&#39;m afraid there isn&#39;t a way to say which sequence goes with which chain.</div><div><br></div><div>I would suggest using the tool phenix.replace_side_chains.  Give it 1 chain and 1 sequence and if they have the same length it should just put it in.  If it doesn&#39;t work, try phenix.sequence_from_map which can do the same thing.</div><div><br></div><div>Let me know if that doesn&#39;t do it!</div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br></div><div><br></div>Date:    Sun, 17 Nov 2019 17:07:16 -0500<br>From:    Nicholas Gao &lt;<a href="mailto:dominion146@GMAIL.COM" target="_blank">dominion146@GMAIL.COM</a>&gt;<br>Subject: Specify chain assignment in sequence file for rebuild-in-place of phenix.autobuild<br><br>Dear CCP4,<br><br>I currently have an MR solution that has the wrong sequence.  The pdb file<br>of the solution contains 3 chains, and I&#39;d like to use the rebuild-in-place<br>functionality within phenix.autobuild to correct the sequence of all 3<br>chains.  Phenix allows me to supply a sequence file as input for this job,<br>it&#39;s not clear to me how I tell the program which sequence should be<br>assigned to which chain.  Anyone know how to do this?<br><br>Sincerely,<br>Nicholas Gao<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div>100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsortium.org</a></div><div>Tel: 505-431-0010</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>