<div dir="ltr">Hi Phenix cryo-EM users,<div><br><div>For those of you trying out density modification for cryo-EM (phenix.resolve_cryo_em), the automatic estimation of resolution in the current version uses unmasked resolution instead of masked, in some cases resulting in running density modification at too low a resolution.</div><div><br></div><div>Consequently it is best with this version if you specify your nominal resolution.  To run it you can type:</div><div><br></div><div>phenix.resolve_cryo_em half_map_1.ccp4 half_map_2.ccp4 \</div><div>   seq_file=seq.dat resolution=3.5</div><div><br></div><div>or something like that.  It requires the current nightly build to run.</div><div><br></div><div>You might also want to wait just a short while and a version that has this and a few other bugs fixed, a GUI, full documentation, and an example dataset will be out (hopefully this week).</div><div><br></div><div>The full description of the method is at <a href="https://www.biorxiv.org/content/10.1101/845032v1">https://www.biorxiv.org/content/10.1101/845032v1</a></div><div><br></div><div>Let me know of any problems or suggestions!</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div>100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsortium.org</a></div><div>Tel: 505-431-0010</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>