<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    Hi Cristiano,<br>
    <br>
    if Molybdenum site isn't disordered, it should have a very prominent
    peak at 1.9A resolution, which in turn means metal coordination
    restraints may not be necessary. So have you tried to refine without
    these restraints?<br>
    <br>
    You may try to refined occupancy of Mo in case it is partially
    occupied. Also, it's heavy enough to warrant refinement of its
    anisotropic ADP.<br>
    <br>
    Finally, clashes may also be false alarms because Molprobity clash
    evaluators are unaware of non-standard geometries and bonds.<br>
    <br>
    I can have a closer look if you send me files (off mailing list).<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 11/20/19 07:24, Cristiano Mota
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CABzUK2x42wciOj8Hg4_GNBtxHw11e+KUeZqitzmTUutcUz9rPw@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div dir="ltr">
        <div dir="ltr"><span style="color:rgb(0,0,0)">Hi all,</span><br>
          <div style="color:rgb(0,0,0)"><br>
          </div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)">I'm using phenix.refine to
            refine a structure of a Molybo-protein at 1.9Å.</div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)">The MGD cofactors (molybdopterin
            guanine dinucleotide) are being refined with a weird
            distorted geometry causing some clashes. The Fo-Fc maps show
            that something is going wrong in the aromatic rings
            interatomic distances.</div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)"><br>
          </div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)">I'm using the readyset to pick
            up MGD and metal restraints.</div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)">Am I using the right protocol? </div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)"><br>
          </div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)">Best regards,</div>
          <div style="color:rgb(0,0,0)">Cristiano Mota</div>
          <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>