<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    Hi Taylor,<br>
    <br>
    you are correct, in group B factor refinement overall B factors of
    adjacent residues are restrained to be similar (or not too
    different). I will fix the documentation, thanks for pointing this
    out.<br>
    <br>
    There isn't much validation done to B factors, so dropping
    restraints can indeed lower R-factors but it isn't necessarily clear
    whether refined B factors are going to be meaningful. I guess you
    can try both and see what produces more meaningful B factors.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 11/25/19 16:34, Taylor Stevens
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:92459E6D-3F2C-4D07-AA46-4799F4F9D501@caltech.edu">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
      Hello,
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">I am currently refining a low-ish resolution
        structure (through the phenix.refine GUI) with phenix version
        1.14 and had some questions about the use of restraints in group
        ADP refinement. In the phenix.refine documentation (<a
href="https://www.phenix-online.org/documentation/reference/refinement.html#refinement-of-atomic-displacement-parameters-adp-or-b-factors"
          class="" moz-do-not-send="true">https://www.phenix-online.org/documentation/reference/refinement.html#refinement-of-atomic-displacement-parameters-adp-or-b-factors</a>)
        it is stated that “Group isotropic ADP or TLS refinement do not
        use any restraints”, however, this does not seem to be the case.
        If I look in the log file I can see the following lines of text
        which I believe indicate that the restraints are being applied:</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|-group b-factor refinement (macro cycle = 0;
          iterations = 0)————————|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">| r_work = 0.3331 r_free = 0.3717 target = 5.823062
          restraints weight = None  |</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|——————————————————————————————————————|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|-group b-factor refinement (macro cycle = 1;
          iterations = 22)————————|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">| r_work = 0.3331 r_free = 0.3717 target = 5.823062
          restraints weight = 821.871|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|——————————————————————————————————————|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|-group b-factor refinement (macro cycle = 2;
          iterations = 22)————————|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">| r_work = 0.3331 r_free = 0.3717 target = 5.823062
          restraints weight = 821.871|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|——————————————————————————————————————|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|-group b-factor refinement (macro cycle = 3;
          iterations = 22)————————|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">| r_work = 0.3331 r_free = 0.3717 target = 5.823062
          restraints weight = 821.871|</div>
        <div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height:
          normal; font-family: Courier; color: rgba(0, 0, 0, 0.85098);"
          class="">|——————————————————————————————————————|</div>
      </div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">If I manually set the wu parameter to 0 under
        “Refinement target weights" nothing changes, however, if I
        navigate to "All parameters &gt; ADP settings &gt; Group
        B-Factors" in the GUI there is a “Use restraints” box that is
        checked by default. If I uncheck this box, there are no longer
        any restraints being applied according to the log file, and in
        the case of the structure I am refining, there is a substantial
        drop in the rfree/rwork. Is this an issue with the program or
        documentation? Or am I misunderstanding how the program is
        supposed to work? Is it generally a good idea to use group ADP
        refinement without restraints?</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">Thanks,</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">Taylor</div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>