<div dir="ltr">Hi Yangqi,<div>There was a bug in mtriage in a few versions that did lead to this behavior of the FSC not being 1 at low-res.  You could try a nightly build and see if this is the cause (or perhaps it really should be lower but that is not likely).</div><div><br></div><div>In principle at least you should be able to use the helical symmetry for creation of a complete model from a protomer (if that is what you are asking)  You can try phenix.map_symmetry and see if that finds the NCS. Otherwise, you can input your NCS with helical symmetry to phenix.map_symmetry and it should check that ncs.  The most likely problem is if the helical axis is not along (0,0,1).</div><div><br></div><div>Let me know if that doesn&#39;t work,</div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Dec 11, 2019 at 2:04 PM Yangqi Gu &lt;<a href="mailto:yangqi.gu@yale.edu">yangqi.gu@yale.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Phenix developer, <div>I have a question regarding the map to model fsc. I have a filament map and a model with arbitrary copy of the protomer ( I built them in Chimera), then I used the filament model to refine against my map. But I encountered an issue is that the reported FSC (map to model) did not start from 1 but rather 0.8. I am wondering if there is anyway to fix it. Also, in the case of a filament, how do I use NCS operator to refine rather than manual building the filament model? I tried specifying NCS with helical symmetry, but it did not work. </div><div>Best,</div><div>Yangqi<br clear="all"><div><br></div><br></div></div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div>100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsortium.org</a></div><div>Tel: 505-431-0010</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>