<div dir="ltr"><div>Dear phenix users,</div><div><br></div><div>Although phenix in general is used to convert electron density into protein coordinates (PDB), I am interested in retrieving electron density of an optimized PDB, hopefully at a resolution of ~1-2A.  Since there could be manipulation of the coordinate file upstream, some crystal structure information could be lost.</div><div><br></div><div>I notice that phenix generates structure factor from coordinates (assuming P1 symmetry) by phenix.fmodel. However, the conversion from structure factor to electron density requires a normalization constant (sum of atomic form factors). I am still trying to identify the correct function to use to output a non-binary output format. phenix.maps might work but I am unsure about the map_type.<br></div><div><br></div><div>If anyone is willing to provide some suggestions, that would be very helpful.<br></div><div><br></div><div>Sincerely,<br></div><div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Simon</div></div></div></div></div>