<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        mso-fareast-language:EN-US;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:#0563C1;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:#954F72;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        mso-fareast-language:EN-US;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="DA" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi..<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am doing real space refinement on a protein model build from a cryo-em map. I run the refinement with Amber gradients turned on and with secondary structure restraints (otherwise, more or less default settings).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have some issues with helix and sheet outliers.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Every time I run the refinement (after making sure that the bond distance in the helices are within the 3.5 ) I get a lot of bad annotation remarks, but with outliers just above 3.5  (see .log below):<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&#8230;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">removed outlier: 3.576A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; VAL A 179 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; LEU A 175 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proline residue:&nbsp; A 180&nbsp; - end of helix<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 3.681A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; PHE A 188 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; LEU A 184 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 3.628A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; PHE A 189 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; ILE A 185 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 3.521A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; ILE A 190 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp; &nbsp;ALA A 186 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp; Processing helix&nbsp; chain 'A' and resid 219 through 228<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 3.737A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; MET A 227 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; GLU A 223 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&#8230;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Is this something that I just need to fix in several rounds of refinement or is there an explanation? Amber gradients maybe?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">In addition, I have some bad sheet annotations such as:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&#8230;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">removed outlier: 6.987A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; VAL B 433 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; LEU B 440 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 4.659A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; VAL B 442 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; LEU B 431 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 6.296A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; LEU B 431 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; VAL B 442 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 5.062A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; ALA B 444 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; THR B 429 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span lang="EN-US" style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; removed outlier: 6.129A&nbsp; pdb=&quot; N&nbsp;&nbsp; THR B 429 &quot; --&gt; pdb=&quot; O&nbsp;&nbsp; ALA B 444 &quot; (cutoff:3.500A)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">&#8230;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">When I look at the model, the residues are definitely a part of the sheet &#8211; the long distance between the N-O atoms is due to the O being &#8220;flipped&#8221; (hope it makes sense).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Is this because of wrong annotation?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:DA">Best<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="mso-fareast-language:DA">Casper<o:p></o:p></span></p>
</div>
</body>
</html>