<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class="">Dear all,</font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class=""><br class=""></font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class="">I have a problems displaying disulphide links in PyMoL and CCP4mg for a 2.3 angstrom crystal structure. I have tried both PyMoL and CCP4mg, these programs are not recognizing an important inter-domain disulphide bridge which seems to have no problems in "Coot". While other intra-domain disulphide links are fine. Can anyone suggest how to manually fix it?</font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class=""><br class=""></font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" class=""><span style="font-size: 14px;" class="">In addition, I have performed protein-protein docking using this crystal structure and have obtained nice convincing model. However, in this pose, which is being refined and energy minimized, none of the disulphide links are intact! Upon manual examination,&nbsp;I have noticed that the&nbsp;corresponding&nbsp;cysteine are 3.0-4.0 angstrom away. How should I correct this?&nbsp;</span></font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class=""><br class=""></font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class="">Looking forward to your&nbsp;</font><font face="Times New Roman" class=""><span style="font-size: 14px;" class="">suggestions...</span></font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class=""><br class=""></font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class="">With thanks and regards,</font></div><div dir="auto" class=""><font face="Times New Roman" style="font-size: 14px;" class="">Urvashi</font></div><div dir="auto" class=""><br class=""></div><div dir="auto" class=""><br class=""></div><div dir="auto" class=""><br class=""></div><div dir="auto" class="">----------------------------------------------------</div><div dir="auto" class=""><br class=""></div><div dir="auto" class=""><div class=""><span class="" style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><font class="" color="#7a7a7a" size="2" face="Palatino">Dr Urvashi Sharma,</font></span></div><div class=""><span class="" style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><font class="" color="#7a7a7a" size="2" face="Palatino">DBT-Ramalingaswamy faculty fellow</font></span></div><div class=""><span class="" style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><font class="" color="#7a7a7a" size="2" face="Palatino">JNU, New Delhi.</font></span></div><div class=""><span class="" style="background-color: rgb(255, 255, 255);"><font color="#3a88fe" class=""><br class=""></font></span></div></div><div dir="auto" class=""><br class=""></div><div dir="auto" class=""><br class=""></div></body></html>