<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
<p></p>
<div>Dear all, <br>
</div>
<div>I repeat my mail sent previously to ccp4bb on the same request:<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Dear Murpholino,<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>there is a couple of articles addressing specifically this issue :<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">Urzhumtsev, A., Afonine, P.V., Lunin, V.Y., Terwilliger, T.C., Adams, P.D. (2014) &quot;</span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">Metrics
 for comparison of crystallographic maps<span style="mso-no-proof: yes;">&quot;. </span>
</span><i style="mso-bidi-font-style: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">Acta Cryst.,
</span></i><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">D70</span></b><i style="mso-bidi-font-style: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">,</span><span style="font-size: 10pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">
</span></i><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">2593-2606</span>
</div>
<div><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">Urzhumtseva, L., Urzhumtsev, A. (2016) &quot;COMPaRS: stand-alone program for map comparison using quantile rang scaling&quot;.
</span><i style="mso-bidi-font-style: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">J. Appl.</span><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">Cryst.,
</span></i><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">49</span></b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;times new roman&quot;, serif;" lang="EN-US">,
<span style="mso-no-proof: yes;">2270-2275.</span></span> </div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Sacha Urzhumtsev</div>
<p></p>
<br>
<div style="color: rgb(0, 0, 0);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>De :</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; de la part de Tom Terwilliger &lt;tterwilliger@newmexicoconsortium.org&gt;<br>
<b>Envoyé :</b> mardi 12 mai 2020 01:00<br>
<b>À :</b> Murpholino Peligro<br>
<b>Cc&nbsp;:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Objet :</b> Re: [phenixbb] How to compare between electron density maps?</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Hi&nbsp;Murpholino,
<div><br>
</div>
<div>You can use phenix.map_comparison map1.ccp4 map2.ccp4 contour_to_match=1.035</div>
<div><br>
</div>
<div>This will identify the contour in map2.ccp4 that encloses a volume equal to that enclosed by the contour at 1.035 (absolute, not sigma value) in map1.ccp4.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>The method is described in&nbsp;<span style="color:rgb(84,79,50); font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12.8px">Afonine, P.V., Klaholz, B.P., Moriarty, N.W., Poon, B.K., Sobolev, O.V., Terwilliger, T.C., Adams, P.D, Urzhumtsev, A. (2018).&nbsp;</span><a href="https://doi.org/10.1107/S2059798318009324" style="color:rgb(146,87,121); font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12.8px">New
 tools for the analysis and validation of Cryo-EM maps and atomic models.</a><span style="color:rgb(84,79,50); font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12.8px">&nbsp;Acta Cryst. D74, 814-840. bioRxiv 279844;&nbsp;</span><a href="http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2059798318009324">http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S2059798318009324</a></div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 11, 2020 at 4:19 PM Murpholino Peligro &lt;<a href="mailto:murpholinox@gmail.com">murpholinox@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex; border-left:1px solid rgb(204,204,204); padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div>
<div>I want to compare electron density features of map A from protein A and map B from protein B...</div>
<div><br>
</div>
<div>Because each map has a different rmsd level...</div>
<div><br>
</div>
<div>...what is the best way to compare electron density between maps?<br>
</div>
<br>
</div>
Is there a way to normalize maps or something like that?<br>
<div><br>
</div>
<div>Thanks<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Thomas C Terwilliger
<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div>
<div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div>
<div>100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</div>
<div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">
tterwilliger@newmexicoconsortium.org</a></div>
<div>Tel: 505-431-0010</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>