<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body>
    Hi Jing,<br>
    <br>
    so then it looks like the problem solved! Perhaps that's the
    simplest way though may not be most efficient as phenix.molprobity
    calculates a lot more that you don't use. More efficient would be to
    write your own Python script to loop over files and get that number
    directly in the script..<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 5/18/20 16:26, Jing Liu wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:BYAPR02MB49847D09A507C5C63EA675119DB80@BYAPR02MB4984.namprd02.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Hi Pavel, <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Thank you. I am actually only interested in getting the
        MolProbity score. So I ran the phenix.molprobity and it generate
        a file with the summary table that the MolProbity score is the
        last line of the file. I guess I will have to extract that line
        from the output files for comparison. I am not sure whether
        there is a simpler way to get the information.
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Best. <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Jing<br>
      </div>
      <hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
      <div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt"
          face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Pavel
          Afonine <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pafonine@lbl.gov">&lt;pafonine@lbl.gov&gt;</a><br>
          <b>Sent:</b> Friday, May 15, 2020 12:08 PM<br>
          <b>To:</b> Jing Liu <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:jliu321@stanford.edu">&lt;jliu321@stanford.edu&gt;</a>;
          <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a> <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">&lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;</a><br>
          <b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Is there a way to evaluate
          batch pdb models with Malprobity in phenix?</font>
        <div> </div>
      </div>
      <div>Hi Jing,<br>
        <br>
        it depends what exactly  statistics you want to get. Running<br>
        <br>
        phenix.model_statistics model.pdb<br>
        <br>
        will likely get you most you want to see, a sample output looks
        like:<br>
        <br>
        <tt>Deviations from Ideal Values.</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Bond      :  0.008   0.054    992</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Angle     :  1.071   6.317   1346</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Chirality :  0.063   0.191    143</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Planarity :  0.007   0.050    177</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Dihedral  : 27.365 179.733    369</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Min Nonbonded Distance : 2.116</tt><tt><br>
        </tt><tt><br>
        </tt><tt>Molprobity Statistics.</tt><tt><br>
        </tt><tt>  All-atom Clashscore : 2.62</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Ramachandran Plot:</tt><tt><br>
        </tt><tt>    Outliers :  0.81 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>    Allowed  :  6.50 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>    Favored  : 92.68 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Rotamer Outliers :  2.91 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Cbeta Deviations :  0.00 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>  Peptide Plane:</tt><tt><br>
        </tt><tt>    Cis-proline     : 0.00 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>    Cis-general     : 0.00 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>    Twisted Proline : 0.00 %</tt><tt><br>
        </tt><tt>    Twisted General : 0.00 %</tt><tt><br>
        </tt><tt><br>
        </tt><tt>Rama-Z (Ramachandran plot Z-score):</tt><tt><br>
        </tt><tt>Interpretation: bad |Rama-Z| &gt; 3; suspicious 2 &lt;
          |Rama-Z| &lt; 3; good |Rama-Z| &lt; 2.</tt><tt><br>
        </tt><tt>Scores for whole/helix/sheet/loop are scaled
          independently;</tt><tt><br>
        </tt><tt>therefore, the values are not related in a simple
          manner.</tt><tt><br>
        </tt><tt>  whole: -1.36 (0.65), residues: 123</tt><tt><br>
        </tt><tt>  helix: -1.04 (0.99), residues: 10</tt><tt><br>
        </tt><tt>  sheet:  0.56 (1.03), residues: 21</tt><tt><br>
        </tt><tt>  loop : -1.34 (0.57), residues: 92</tt><tt><br>
        </tt><br>
        In expect way you can put together a Python script and that
        would loop over models, get an object-container from calling
        model_statistics and programmatically parse that object to
        extract information you need.<br>
        <br>
        Pavel<br>
        <br>
        <div class="x_moz-cite-prefix">On 5/15/20 11:54, Jing Liu wrote:<br>
        </div>
        <blockquote type="cite">
          <style type="text/css" style="display:none">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            Hi, <br>
          </div>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            <br>
          </div>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            I had generate a batch of pdb models (40-100) in rosetta and
            am wondering whether there is a way to evaluate these models
            in batch with Molprobity. For example, can I use phenix
            command line to do it and how? Or should I download the
            Molprobity and do it on my local computer? Really appreciate
            if anyone can share their experience.</div>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            <br>
          </div>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            Jing Liu, PhD <br>
          </div>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            Ted Jardetzky lab <br>
          </div>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            Department of Structural Biology <br>
          </div>
          <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
            font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
            Stanford University <br>
          </div>
          <br>
          <fieldset class="x_mimeAttachmentHeader"></fieldset>
          <pre class="x_moz-quote-pre">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="x_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" moz-do-not-send="true">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="x_moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" moz-do-not-send="true">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="x_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" moz-do-not-send="true">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
        </blockquote>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>