<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body>
    Hi,<br>
    <br>
    One way of dealing with this is to place a (symmetry) unique copy of
    the ligand , which may be its part. <br>
    Alternatively it's possible to disable nonbonded repulsion forces
    for selected atoms.<br>
    <br>
    Send me model and data files if still need help with this.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 5/20/20 01:01, Tom Vanmarcke wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:AM0PR09MB2866E140C71A94203196F7DB8CB60@AM0PR09MB2866.eurprd09.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Dear,</p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">We are trying to solve a protein structure
          that contains a ligand (polyoxometalate). We found the ligand
          in the electron density but through the middle of the ligand
          goes a 2 fold axis. For this reason, we placed the
          occupendency of the ligand on 0.50. When we try to refine the
          structure using phenix.refine, the ligand breaks down even
          when adding a cif restrain file.</p>
        <p class="MsoNormal">The cif restrain file contains information
          about atoms, angles and bond lengths.</p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Is there a way to fix this problem?</p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Greetings</p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p><br>
        </p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>