<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body>
    Hi Jens,<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:BY5PR03MB50773043BE26D42BE7A22FB1D3B60@BY5PR03MB5077.namprd03.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">  We have a case of a cofactor with 222
          symmetry in two states on a special position ( 2-fold). When
          modelling one state, Phenix correctly restrains the occupancy
          to 0.5. When putting state 2 in alternative conformation group
          B, the occupancy of altconf A and B is restrained to 1.0,
          instead of 0.5; it seems like it does not recognize that the
          alternative conformations are on a special position.</p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    this is not one of these 13 scenarios described here:<br>
    <br>
    <a
      href="http://phenix-online.org/newsletter/CCN_2015_07.pdf#page=12">http://phenix-online.org/newsletter/CCN_2015_07.pdf#page=12</a><br>
    <br>
    so I'd not expect it to work automatically.<br>
    <br>
    If you send me model and data I can see what it would take to handle
    this automatically.<br>
    <br>
    Meanwhile, you can probably ask phenix.refine to not group
    occupancies of A and B so they are not forced to add up to one, and
    instead refined individually from each other. This will not
    guarantee that the sum will be 0.5, but if the data are good enough
    and starting values are close, it may converge to something close.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>