<div dir="ltr">Hi Brandon,<br><div><br></div><div>There is a small hint here: </div><div><a href="https://www.phenix-online.org/documentation/reference/refinement.html#definition-of-custom-bonds-and-angles">https://www.phenix-online.org/documentation/reference/refinement.html#definition-of-custom-bonds-and-angles</a><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">For bonds to symmetry copies, specify the symmetry operation in xyz notation, for example:<br>symmetry_operation = -x-1/2,y-1/2,-z+1/2</blockquote><div><br></div><div>The whole .eff file might look like:</div> refinement.geometry_restraints.edits {<br>    bond {<br>      action = *add delete change<br>      atom_selection_1 = chain A and resid 1199 and name O4<br>      atom_selection_2 = chain A and resid 1196 and name C1<br>      symmetry_operation = X-1/2,-Y+1/2,-Z<br>      distance_ideal = 1.439<br>      sigma = 0.020<br><div>    }</div><div>} </div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Oleg Sobolev.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, May 22, 2020 at 3:55 PM Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div>
    Hi Brandon,<br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      
      I
      have an unusual problem in which my enzyme (a dimer) is covalently
      bound to its own C-terminus and so is daisy-chained across the
      crystal lattice. In the past, I have encountered and fixed this
      problem by extracting the covalent part of the molecule and
      re-phasing using that as the molecular replacement model. In this
      case, I am not able to due so. When I input the restraints, it
      either crashes refine or attempts to impose them on the
      corresponding residues within the ASU (understandable) but they
      are quite distal and this leads to &quot;interesting&quot; refinement
      results. Is there a good way of making phenix.refine do what I
      want? Or perhaps a workaround that I haven&#39;t considered yet?<br>
    </blockquote>
    <br>
    this should be possible but I don&#39;t remember what it takes. If you
    send me the file I might be able to figure this out.<br>
    <br>
    Pavel<br>
  </div>

_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>