<div dir="ltr"><div dir="ltr">Guenter</div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>
    <p>I cannot get the Amber and AFITT menu bars in the phenix.refine
      GUI on a  Ubuntu (Xubuntu 18.04) box.  <br></p></div></blockquote><div>Do you have AFITT installed and setup following <a href="https://www.phenix-online.org/documentation/reference/afitt.html">https://www.phenix-online.org/documentation/reference/afitt.html</a></div><div><br></div><div>Regarding Amber,  Ubuntu is the problem child for many things including Phenix-Amber. I&#39;m hoping Billy can help here.</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><p>
    </p>
    <p> I set Preferences &quot;Enable alpha-test programs and features&quot; 
      (works on my Mac 10.14.6 and SciLinux6 box ).<br></p></div></blockquote><div>Don&#39;t think this matters for Amber anymore as it&#39;s distributed with Phenix. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><p>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Moreover, on the Xubuntu machine: when I start the phenix.refine
      GUI (phenix version 1.18.2-3874) I see the following error message
      in the terminal running phenix:</p>
    <p><i><i>$ phenix</i></i></p>
    <p><i>Could not import the compiled Python-sander interface. Make
        sure you have the Python development libraries installed and
        that you have sourced amber.sh or amber.csh <br></i></p></div></blockquote><div>Does it crash? Billy probably has the answers here.</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><p><i>
      </i></p>
    <p><br>
      <i><i>------------------------</i></i></p>
    <p>python 3.7 is installed and python development tools :<i><br>
      </i></p>
    <p><i>------------------------<br>
      </i></p>
    <p><i>$ python -V
      </i><i><br>
      </i><i>Python 3.7.6 </i></p>
    <p><i>$ sudo apt list -a   python3.7-dev
      </i><i><br>
      </i><i>Listing... Done
      </i><i><br>
      </i><i>python3.7-dev/bionic-updates,now 3.7.5-2~18.04 amd64
        [installed]
      </i><i><br>
      </i><i>python3.7-dev/bionic-security 3.7.3-2~18.04.1 amd64
      </i><i><br>
      </i><i>python3.7-dev/bionic 3.7.0~b3-1 amd64 <br>
      </i></p>
    <p><i>------------------------</i></p></div></blockquote><div>Phenix 1.18.2 should be the last major release to use Python2 so you need to have it available.</div><div><br></div><div>Nigel <br></div></div></div>