<html>
  <head>
    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Dear all,</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>    I am refining a structure of a Glyceraldehyde 3-phosphate
      dehydrogenase (GAPDH) (converts glyceraldehyde 3-phosphate in<font
        color="#330033">to <font size="+1">D<span style="font-family:
            sans-serif; font-size: 14px; font-style: normal;
            font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal;
            font-weight: 400; letter-spacing: normal; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; word-spacing:
            0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color:
            rgb(144, 238, 144); text-decoration-style: initial;
            text-decoration-color: initial; display: inline !important;
            float: none;">-</span></font></font><a
        href="https://en.wikipedia.org/wiki/Glycerate_1,3-bisphosphate"
        class="mw-redirect" title="" style="text-decoration: underline;
        color: rgb(250, 167, 0); background: none; outline-color:
        rgb(51, 102, 204); font-family: sans-serif; font-size: 14px;
        font-style: normal; font-variant-ligatures: normal;
        font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing:
        normal; orphans: 2; text-align: -webkit-center; text-indent:
        0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
        word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"
        moz-do-not-send="true"><font size="+1" color="#330033">glycerate
          1,3-bisphosphate) ,
          https://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=1.2.1.12 .</font><br>
      </a></p>
    <p>    It turns out that its active center cysteine presents bound
      ligands , covalently or not to be determined if possible (data
      resolution 2.51 A).<br>
    </p>
    <p>    I would like to get help on two issues, (1) what the ligand
      might be and (2) how to treat it (correct me) in phenix.refine.</p>
    <p>1) The protein was expressed in E. coli; it had much contact with
      glycerol and crystallization conditions include the
      "ethylene-glycols-mix" ("a mixture of diethylene glycol,
      triethylene glycol, tetraethylene glycol, and pentaethylene
      glycol"). Nevertheless, no NAD cofactor was added, and there is no
      electron density for it. Otherwise, phosphate was also present in
      crystallization condition.</p>
    <p>In a previous study, I learned that glycerol might also contain
      minor amounts of ethylene glycol. I wonder, nevertheless, about
      glyceraldehyde (and note resemblance with the substrate).<br>
    </p>
    <p>Catalytic mechanism includes a hemithioacetal intermediate (<a
        class="moz-txt-link-freetext"
href="https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1046/j.1432-1327.1998.2520447.x"
        moz-do-not-send="true">
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1046/j.1432-1327.1998.2520447.x</a>
      ) such that cysteine SD is bound covalently to a carbon. I wonder
      also how much this might attack an ethylene glycol and their
      likes.</p>
    <p>Pictures for the density are shown at for the 4 monomers of the
      a. u., first 4 photos: <a class="moz-txt-link-freetext"
        href="https://photos.app.goo.gl/Y7MyugqwRFD4sjgDA">https://photos.app.goo.gl/Y7MyugqwRFD4sjgDA</a> 
      (blue 1 sig for e. d. maps, green 3 sig for Fourier difference
      maps) . Density is  different among them to different degrees. The
      nearby threonine, in some cases, seems to interact with a blob
      (and it is helped by other threonine and a serine) which + - might
      accommodate a phosphate.</p>
    <p>I have tried to fit a number of molecules, e.g., the substrate
      (but not really good in all monomers for the phosphate moiety),
      glycerol, ethylene glycol and its di and tri (found also in other
      places in the structure) and now I went for  glyceraldehyde
      (though, I have doubts that there is other - apart from the one
      eventually bound to S - tertiary carbon). Apart from the
      difficulties on searching for the best fitting molecule (and
      consider their intrinsic flexibility) I do not manage to establish
      distance between them and Cys SD (and there goes the second
      question).</p>
    <p>2) I could not devise how to set a proper distance between any of
      the ligands and the Cysteine, be it to check for a covalent bond
      or to establish a van der Waals restriction. I tried:</p>
    <p>    bond {<br>
            action = *add delete change<br>
            atom_selection_1 = chain A and resid 153 and name SG<br>
            atom_selection_2 = chain N and resid 5 and name C3<br>
            symmetry_operation = None<br>
            distance_ideal = 1.803<br>
            sigma = 0.1<br>
            slack = None<br>
            limit = -1.0<br>
            top_out = False<br>
          }<br>
    </p>
    <p>    Results are also show for my Glyceraldehyde trial, last 4
      photos, 
      <a class="moz-txt-link-freetext"
href="https://photos.google.com/album/AF1QipO71L7GJYKv_MmjTc_0GzsH2xtFR_V-2ICBirPb">https://photos.google.com/album/AF1QipO71L7GJYKv_MmjTc_0GzsH2xtFR_V-2ICBirPb</a>
      . Note clashes.</p>
    <p>    Curiously , for some of the bonds to be added, I receive the
      message:<br>
    </p>
    <p>"  Atom "HETATM 9835  O2  3GR N   5 .*.     O  " rejected from
      bonding due to valence issues."</p>
    <p>    which seems to point to oxygen atoms, though I declare carbon
      atoms.<br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>    Helps welcome, thank you.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Jorge<br>
    </p>
  </body>
</html>