<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hello,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
I am refining a 3.5 Å structure using the latest stable version of Phenix.Refine. After switching to the latest version the Bond RMSDs exploded to ~ 0.035 Å, when using optimize wxc.&nbsp; Turning off Optimize and using the &quot;Fix WXC&quot; parameters in the GUI with increasingly
 smaller values had almost no effect on the final bond rmsds, which seems to explode from reasonable values in the &quot;3_xyz&quot; step of refinement.&nbsp; Am I missing something?
<br>
</div>
<div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Best regards,</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Mark</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div id="Signature">
<div>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div class="BodyFragment"><font size="2">
<div class="PlainText">Mark Andrew White, Ph.D.<br>
Associate Professor of Biochemistry &amp; Molecular Biology,<br>
Manager, SCSB Macromolecular X-ray Laboratory<br>
UTMB, Galveston, TX<br>
http://xray.utmb.edu</div>
</font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>