<div dir="ltr">Hi Mark,<div><br></div><div>While waiting for Pavel to return, you could do the following:</div><div>Check if the rmsd goes up because all bond rmsds increase or because there are a few outrageous outliers. The validation tab after refinement lists the worst offenders for geometry restraints. </div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Dorothee</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 10, 2020 at 3:12 PM Nigel Moriarty &lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Mark<div><br></div><div>Pavel is best to answer this but he will return on Thursday. Someone else may offer guidance until then.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Aug 10, 2020 at 1:10 PM White, Mark &lt;<a href="mailto:mawhite@utmb.edu" target="_blank">mawhite@utmb.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hello,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am refining a 3.5 Å structure using the latest stable version of Phenix.Refine. After switching to the latest version the Bond RMSDs exploded to ~ 0.035 Å, when using optimize wxc.  Turning off Optimize and using the &quot;Fix WXC&quot; parameters in the GUI with increasingly
 smaller values had almost no effect on the final bond rmsds, which seems to explode from reasonable values in the &quot;3_xyz&quot; step of refinement.  Am I missing something?
<br>
</div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Best regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Mark</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div id="gmail-m_-2867103515613875084gmail-m_7645110074643881841Signature">
<div>
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma;font-size:13px">
<div><font size="2">
<div>Mark Andrew White, Ph.D.<br>
Associate Professor of Biochemistry &amp; Molecular Biology,<br>
Manager, SCSB Macromolecular X-ray Laboratory<br>
UTMB, Galveston, TX<br>
<a href="http://xray.utmb.edu" target="_blank">http://xray.utmb.edu</a></div>
</font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Project Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging<br></div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div><div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div><div>Berkeley, CA 94720</div><div>Tel: (510) 486-5709</div><div>Fax: (510) 486-5909</div><div>Web: <a href="https://phenix-online.org/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://phenix-online.org</a></div></div></div>