<div dir="ltr"><div>Hi Arthur,</div><div>from the way I used to work in small molecule crystallography, I&#39;d set the occupancy of the atoms on the symmetry axis to 0.33, and keep only one of the other three O atoms with an occupancy of 1. I&#39;d expect phenix to generate the other two O atoms via symmetry operators, and applied to the atoms on the symmetry axis, you should get a total occupancy of 1. Does that help?</div><div>Cheers,</div><div>Karine<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Aug 13, 2020 at 2:56 AM Arthur Glasfeld &lt;<a href="mailto:glasfeld@reed.edu">glasfeld@reed.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I’ve run into a situation where I think I have a phosphate sitting on a 3-fold axis, where the P to O1 bond lies on the axis and the atoms O2, O3 and O4 are in symmetry-related positions. The data go to 1.6 Å, so it looks pretty convincing.  I’m refining this in Phenix and have tried some tricks with occupancy - fixing the atoms at 0.33, but I get a lot of positive density in the Fo-Fc map and large B-factors.  I’ve looked around but am not finding ideas on how to model this correctly in my structure file - the references I find are for monoatomic ions.  Any advice would be welcome.<br>
<br>
Thanks,<br>
Arthur<br>
<br>
<br>
<br>
*****************<br>
Arthur Glasfeld<br>
Reed College<br>
Portland, OR 97202<br>
Office: (503)517-7679<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>