<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm trying to follow the protocol described in White et al.,&nbsp;<span style="color: rgb(115, 115, 115); font-family: Georgia, Times, serif; font-size: 13px; font-style: italic; background-color: rgb(255, 255, 255);">Structural principles of SNARE complex recognition
 by the AAA&#43; protein NSF</span>&nbsp;e-life&nbsp;2018&nbsp;<br>
</p>
<p><a href="https://elifesciences.org/articles/38888">https://elifesciences.org/articles/38888</a><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Here is the pertinent paragraph:<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>&quot;T<span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">o improve the Ramachandran statistics and geometry of the models, a two-parameter grid search of real space refinements was performed
 in which 3&#8211;5 macrocycles of global minimization and local grid search were performed in the presence of secondary structure restraints. First, a grid refinement search was performed for both target functions with around 1000 refinements each. For the&nbsp;</span><em>emsley</em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;target
 function,&nbsp;</span><em>rama_weight</em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;and&nbsp;</span><em>scale_allowed</em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;were
 varied from 0.01 to 300; for the&nbsp;</span><em>oldfield</em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;target function, a grid of refinements was performed over&nbsp;</span><em>plot_cutoff</em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;values
 from 0.01 to 1.0 and&nbsp;</span><em>weight_scale</em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;values from 0.1 to 300. Results were judged empirically and based primarily on
 a balance between&nbsp;</span><em>CC<span style="box-sizing: border-box; font-size: 12px; line-height: 0; position: relative; vertical-align: baseline; bottom: -0.25em;">mask</span></em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;and
 a minimal fraction of residues flagged by the program CaBLAM (</span><a href="https://elifesciences.org/articles/38888#bib37" data-behaviour-initialised="true" style="box-sizing: border-box; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(33, 33, 33); text-decoration-line: none; border-bottom: 1px dotted rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px;">Richardson
 et al., 2018</a><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">) because focusing on the fraction of residues with favored&nbsp;</span><em>CC<span style="box-sizing: border-box; font-size: 12px; line-height: 0; position: relative; vertical-align: baseline; bottom: -0.25em;">mask</span></em><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;and
 Ramachandran statistics alone often resulted in unrealistic models with serious problems (</span><a href="https://elifesciences.org/articles/38888#fig12" data-behaviour-initialised="true" style="box-sizing: border-box; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(33, 33, 33); text-decoration-line: none; border-bottom: 1px dotted rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px;">Figure
 12</a><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">,&nbsp;</span><a href="https://elifesciences.org/articles/38888#table2" data-behaviour-initialised="true" style="box-sizing: border-box; background-color: rgb(255, 255, 255); color: rgb(33, 33, 33); text-decoration-line: none; border-bottom: 1px dotted rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px;">Table
 2</a><span style="color: rgb(33, 33, 33); font-family: &quot;Noto Serif&quot;, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">).</span>&quot;<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>There are no differences in the refined structures regardless of what parameters I change. Attached is the input file I use for phenix.real_space_refine (1.18.2&#8203;). Altering the oldfield weight_scale (0.1 to 300) and&nbsp;plot_cutoff (0.1 to 0.5)&nbsp;makes no difference.
 Any help is highly appreciated.&nbsp;<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Best wishes,<br>
Reza<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
Reza Khayat, PhD
<div>Associate Professor&nbsp;</div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry and Biochemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
</body>
</html>