<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        mso-fareast-language:EN-US;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        mso-fareast-language:EN-US;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
/* List Definitions */
@list l0
        {mso-list-id:991447779;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:-740631908 1401730928 134807577 134807579 134807567 134807577 134807579 134807567 134807577 134807579;}
@list l0:level1
        {mso-level-text:"\(%1\)";
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l0:level2
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l0:level3
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
@list l0:level4
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l0:level5
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l0:level6
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
@list l0:level7
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l0:level8
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l0:level9
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
@list l1
        {mso-list-id:992105020;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:-500111568 2090114880 134807577 134807579 134807567 134807577 134807579 134807567 134807577 134807579;}
@list l1:level1
        {mso-level-text:"\(%1\)";
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l1:level2
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l1:level3
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
@list l1:level4
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l1:level5
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l1:level6
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
@list l1:level7
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l1:level8
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-18.0pt;}
@list l1:level9
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
ol
        {margin-bottom:0cm;}
ul
        {margin-bottom:0cm;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-GB" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi All,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have run phenix.resolve_cryo_em using half maps at 7.5 A resolution (the postprocessed map is at 7.1 A) and I just wanted to clarify a couple of things (I have pasted the end of the logfile below this message). I set the resolution to
 7.52 A but didn&#8217;t supply a resolution for density modification &#8211; it seems to have chosen a value of 5.671 A
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">(1) It states &#8220;Estimated improvement of -0.450 A to&nbsp; d_min(FSCref=0.5): 6.628 A&#8221; suggesting to me that it agrees with the postprocessed resolution. Is this the value of 7.08 on this line: &#8220;FSCref=0.5:&nbsp;&nbsp; 7.08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.69&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.63&#8221;?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">(2) I understand that the actual process of real space refinement doesn&#8217;t care about the resolution of the map, but you need to supply it to get meaningful CC values. So my question is what resolution should I supply to RSR if I use the
 density modified map?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I realise that a value of &#8220;-0.450 A&#8221; is at the upper end of what to expect from density improvement, but I can report that the DM map does look noticeably better than the postprocessed map, especially in regions that are less well defined.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Many thanks in advance for any advice<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dave Lawson<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-----------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">d-values (A)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">where<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">FSCref=0.5:&nbsp;&nbsp; 7.08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.69&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.63<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Estimated improvement in d_cc_star=0.5: -0.450 A<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">This is new current best working_map_coeffs_info. Estimated<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">improvement of -0.450 A to d_min(FSCref=0.5): 6.628 A<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Done testing....R-value: 0.530&nbsp; Try: 1 ['database 5', 'resolution: 5.67 ', 'dm_resolution: 5.67 ', 'density_modify_unsharpened_maps:False', 'apply_cc_star:True', 'b_iso: None A**2']<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best density modification cycle 1 is try 1 with<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Methods used: ['database 5', 'resolution: 5.67 ', 'dm_resolution: 5.67 ', 'density_modify_unsharpened_maps:False', 'apply_cc_star:True', 'b_iso: None A**2']<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">R-value: 0.530<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Estimated improvement of -0.450 A to&nbsp; d_min(FSCref=0.5): 6.628 A<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Result: -0.450 A to d_min(FSCref=0.5): 6.628 A&nbsp; R-value: 0.530<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Wrote working map to /home/lawsond/phenix/ResolveCryoEM_1/map_denmod.ccp4<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">===============================================================================<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">SUMMARY AFTER CYCLE OF DENSITY-MODIFICATION<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">===============================================================================<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Overall best density modification Cycle 1 try 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Estimated improvement: -0.450 A to d_min(FSCref=0.5): 6.628 A&nbsp;&nbsp; R-value: 0.530<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Denmod resolution: 5.671 A<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Database: 5.000 A<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Writing out final map files&#8230;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">-------------------------------<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">Prof. David M. Lawson<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">Department of Biological Chemistry,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">John Innes Centre,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">Norwich,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">NR4 7UH, UK.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">Tel: +44-(0)1603-450725<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">Web: https://www.jic.ac.uk/people/david-lawson
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB">Email: david.lawson@jic.ac.uk<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</body>
</html>