<div dir="auto">Dear Igor<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">There&#39;s a phenix bulletin board for question like this, which is where you should post the question. ( I crosspost here)</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I would choose to not do the real space refinement in phenix.refine during the last rounds of refinement of a model, when sidechain positions are essentially correct. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I hope this helps</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Folmer</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">tor. 3. dec. 2020 05.48 skrev Igor Petrik &lt;<a href="mailto:petrik1@illinois.edu">petrik1@illinois.edu</a>&gt;:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I am refining a 1.71A X-ray structure with phenix refine. I have everything modelled in - ~150 residues in the ASU and a heme - and my R-work/R-free is 0.17/0.22. But when I went to deposit it, PDB pointed out that two of my sidechains have distorted geometries. One is a His, and looking at it in Coot, I can clearly see the 2Fo-Fc density for the correct geometry, but the actual coordinates that phenix refine produce don&#39;t lie in that density; there are significant difference map peaks showing that the coordinates are in the wrong place. If I use real space refine in Coot to put the coordinates back into the correct density and refine it again in phenix, they get distorted again.</div><div><br></div><div>What settings in phenix should I check to try to get it to properly refine the coordinates?<br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>- Igor Petrik<span>, PhD</span></div></div></div></div></div>
<br>
<hr>
<p align="center">To unsubscribe from the CCP4BB list, click the following link:<br>
<a href="https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB&amp;A=1" target="_blank" rel="noreferrer">https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB&amp;A=1</a>
</p>
</blockquote></div>