<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
</head>
<body lang="EN-IN" link="blue" vlink="#954F72" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I�ve been having issues with obtaining consistent number of bonds after generating .cif files using eLBOW. To generate the .cif file for an NADH molecule on eLBOW, I�ve been using a SMILE string generated using Chemdraw and a template .pdb
 file that was generated after using LigFit with a ligand .pdb model (also initially generated using a SMILE string).
</p>
<p class="MsoNormal">However, I find that when I load the restraints the bonds in the molecule only show correctly on the older version of coot (0.8.9.2). The double bonds on the adenine ring don�t appear in the latest version of coot (0.9.3) and the double
 bonds on the molecule don�t show up at all when I load the .cif file on REEL. </p>
<p class="MsoNormal">Is there a reason why they could be inconsistent? Could I be viewing them incorrectly on REEL?
</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any thoughts on this would be appreciated! I�ve attached the SMILE string, template .pdb file and final .cif file in this email for your reference.
</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Regards,</p>
<p class="MsoNormal">Vatsal</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p style="margin:0cm;background:white"><span style="font-size:10.0pt;color:black">PhD Candidate, Stauffacher Lab, Dept. of Biology, Purdue University</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,sans-serif;color:#222222"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;background:white"><span style="font-size:10.0pt;color:black">PULSe-Biophysics and Structural Biology training group</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,sans-serif;color:#222222"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;background:white"><span style="color:black"><a href="mailto:prakashp@purdue.edu" target="_blank"><span style="font-size:10.0pt;color:#1155CC">vpurohi@purdue.edu</span></a></span><span style="font-size:10.0pt;color:black">&nbsp;| 346-719-9409</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,sans-serif;color:#222222"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</body>
</html>