<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
</head>
<body lang="EN-IN" link="blue" vlink="#954F72" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello,</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Iíve been having issues with obtaining consistent number of bonds after generating .cif files using eLBOW. To generate the .cif file for an NADH molecule on eLBOW, Iíve been using a SMILE string generated using Chemdraw and a template .pdb
 file that was generated after using LigFit with a ligand .pdb model (also initially generated using a SMILE string).
</p>
<p class="MsoNormal">However, I find that when I load the restraints the bonds in the molecule only show correctly on the older version of coot (0.8.9.2). The double bonds on the adenine ring donít appear in the latest version of coot (0.9.3) and the double
 bonds on the molecule donít show up at all when I load the .cif file on REEL. </p>
<p class="MsoNormal">Is there a reason why they could be inconsistent? Could I be viewing them incorrectly on REEL?
</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Any thoughts on this would be appreciated! Iíve attached the SMILE string, template .pdb file and final .cif file in this email for your reference.
</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Regards,</p>
<p class="MsoNormal">Vatsal</p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p style="margin:0cm;background:white"><span style="font-size:10.0pt;color:black">PhD Candidate, Stauffacher Lab, Dept. of Biology, Purdue University</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,sans-serif;color:#222222"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;background:white"><span style="font-size:10.0pt;color:black">PULSe-Biophysics and Structural Biology training group</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,sans-serif;color:#222222"><o:p></o:p></span></p>
<p style="margin:0cm;background:white"><span style="color:black"><a href="mailto:prakashp@purdue.edu" target="_blank"><span style="font-size:10.0pt;color:#1155CC">vpurohi@purdue.edu</span></a></span><span style="font-size:10.0pt;color:black">&nbsp;| 346-719-9409</span><span style="font-size:9.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,sans-serif;color:#222222"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</body>
</html>