<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:#0563C1;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
</head>
<body lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hello Maulik,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Sometimes uninstalling Xquartz and reinstalling it will correct the link between Phenix and Coot, particularly after computer updates.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best of luck,<br>
Rachel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:#999999;background:white">Rachel Werther / she &amp; her pronouns / Research Technician III / Campbell Lab / Lab A3-201 / 206-667-4189 / Basic Sciences Division / Fred Hutchinson Cancer Research Center /&nbsp;</span><a href="mailto:rwerther@fredhutch.org" title="mailto:rwerther@fredhutch.org"><span style="font-size:12.0pt;color:#0563C1;background:white">rwerther@fredhutch.org</span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">&lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of &quot;Badmalia, Maulik&quot; &lt;maulik.badmalia@uleth.ca&gt;<br>
<b>Date: </b>Thursday, February 11, 2021 at 3:37 PM<br>
<b>To: </b>&quot;phenixbb@phenix-online.org&quot; &lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;<br>
<b>Subject: </b>[phenixbb] unable to run coot<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">hello team phenix,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">I hope this&nbsp;email finds you well.&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">I recently downloaded phenix for analysing our cryoEM data, before moving to the data analysis I decided to try the tutorial. I decided to use the autosharpen option first, I was able to access
 the tutorial but when I clicked&nbsp;on coot I repeatedly got a message saying that &quot;Sorry: the 'coot' command could not be located.&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">We have installed Coot to run on a CentOS platform and has the latest version of Coot on the system. I am a novice with linux and phenix. So any help in this regard would&nbsp;be highly&nbsp;appreciated.
 Do let me&nbsp;know if&nbsp;you have any questions.&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Regards,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Maulik<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div id="Signature">
<div>
<div id="divtagdefaultwrapper">
<p style="background:white"><b><span style="color:#333333">Maulik D. Badmalia</span></b><span style="color:#201F1E"><o:p></o:p></span></p>
<p style="background:white;text-align:start"><b><span style="color:#333333">Postdoctoral Researcher</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:#201F1E"><o:p></o:p></span></p>
<p style="background:white;text-align:start"><b><span style="color:#333333">Laboratory of Medicinal Biophysics</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:#201F1E"><o:p></o:p></span></p>
<p style="background:white;text-align:start"><b><span style="color:#333333">Alberta RNA Research and Training Institute</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:#201F1E"><o:p></o:p></span></p>
<p style="background:white;text-align:start"><b><span style="color:#333333">Dept. of Chemistry &amp; Biochemistry</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:#201F1E"><o:p></o:p></span></p>
<p style="background:white;text-align:start"><b><span style="color:#333333">University of Lethbridge, Lethbridge, AB, Canada</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:#201F1E"><o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>